使用TBtools 從基因組提取DNA序列

需求:想要查看一個(gè)基因的直系同源基因在不同物種的區(qū)別,如上游啟動(dòng)子區(qū),3端-UTR 區(qū)域,CDS區(qū)

比如我有一個(gè)大蒜基因Asa7G00205,


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1輸入基因組序列
2設(shè)置輸入序列
根據(jù)基因組GFF文件 這個(gè)基因的位置如下:
chr7 EVM gene 81790460 81791328 . - . ID=Asa7G00205

所以設(shè)置如下,同時(shí)將上下游2000bp 提取出來
chr7 81788460 81793328

有的時(shí)候基因組并不是chr1 開始,如蘆筍基因組是NC_033794.1 編號(hào)
就需要設(shè)置如下: NC_033794.1 81788460 81793328


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