今天公眾號(hào)的一位讀者留言說要做氣泡圖。他的數(shù)據(jù)如下

image.png

ID是X，log2FC用作y，class是分類變量用來填充顏色 范圍是A到I。P值用來映射點(diǎn)的大小。

還有一個(gè)要求是 能否突出p值<0.05?，我目前想到的辦法是按0.05為界給P值分組，然后用不同形狀的點(diǎn)來映射。

首先是讀入數(shù)據(jù)

df<-read.csv("bubble_plot.csv",
             header=T,stringsAsFactors = F)

最基本的散點(diǎn)圖

library(ggplot2)
ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC))+
  geom_point()

image.png

用class來映射顏色

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,color=Class))+
  geom_point()

image.png

用pvalue映射大小

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,
              color=Class,size=pvalue))+
  geom_point()

image.png

更改點(diǎn)的大小

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,
              color=Class,size=pvalue))+
  geom_point()+
  scale_size_continuous(range = c(1,10))

image.png

氣泡圖將透明度設(shè)置低一點(diǎn)可能會(huì)好看一點(diǎn)

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,
              color=Class,size=pvalue))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range = c(1,10))

image.png

將數(shù)據(jù)的pvalue按照0.05分組，然后映射不同的形狀

df$group<-ifelse(df$pvalue<0.05,"pvalue<0.05",
                 "pvalue>=0.05")
ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))

image.png

接下來就是美化

灰色背景不太喜歡，去掉

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))+
  theme_bw()

image.png

現(xiàn)在是pvalue值大于0.05對應(yīng)的是三角，pvalue值小于0.05對應(yīng)的是圓圈，如果想對調(diào)位置的話

df$group<-factor(df$group,levels = c("pvalue>=0.05",
                                     "pvalue<0.05"))
ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))+
  theme_bw()

image.png

根據(jù)自己的想法來填充顏色

首先準(zhǔn)備 11個(gè)顏色，class有多少個(gè)類別就準(zhǔn)備多少個(gè)顏色

cols<-c("#0055AA","#C40003","#00C19B","#EAC862","#7FD2FF","#007ED3","#B2DF8A","#FFACAA","#FF9D1E","#C3EF00","#CAB2D6","#894FC6")
ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))+
  theme_bw()+
  scale_color_manual(values = cols)

image.png

將x軸和y軸的標(biāo)簽轉(zhuǎn)換成自己想要的

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))+
  theme_bw()+
  scale_color_manual(values = cols)+
  labs(x="",y="log2FC")

image.png

這樣在圖上突出顯示的是P值大于0.05的那些點(diǎn)，如果想突出顯示p值小于0.05的點(diǎn)

我暫時(shí)先到一個(gè)辦法是對p值進(jìn)行-log2轉(zhuǎn)換，這樣原來的小值就變成大值了，試一下這個(gè)想法

df$pvalue1<- -log2(df$pvalue)

ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue1,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))+
  theme_bw()+
  scale_color_manual(values = cols)+
  labs(x="",y="log2FC")

image.png

現(xiàn)在又變成三角對應(yīng)的pvalue是小于0.05的，把它改成圓圈

df$group<-factor(df$group,
                 levels = c("pvalue<0.05",
                            "pvalue>=0.05"))
ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC,size=pvalue1,
              color=Class,shape=group))+
  geom_point(alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(range=c(1,10))+
  theme_bw()+
  scale_color_manual(values = cols)+
  labs(x="",y="log2FC")

image.png

最后導(dǎo)出pdf文件手動(dòng)修改pvalue的圖例

image.png

-log2好像變換不太合適，暫時(shí)想不到比較好的辦法了。
最終圖反映的信息是，圓點(diǎn)代表p值小于0.05，圓點(diǎn)越大，p值越小。葉色映射的是不同的分類

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小明的數(shù)據(jù)分析筆記本