對(duì)于甲基化芯片的差異分析，除了有探針?biāo)降牟町惙治?，還有差異甲基化區(qū)域DMR分析。
差異甲基化區(qū)域的示意圖如下：
該圖片來(lái)自Bumphunter的文獻(xiàn)，圖中綠色矩形代表的就是一個(gè)差異甲基化區(qū)域。
A 圖代表的是甲基化位點(diǎn)的在cancer和normal 兩個(gè)group的分布, 每組包含8個(gè)生物學(xué)重復(fù)；B 圖代表的是DMR 檢測(cè)的原理，在正負(fù)0.1的兩條紅線(xiàn)是自定義的差異閾值，而黑色的線(xiàn)是根據(jù)CpG位點(diǎn)差異程度擬合出來(lái)的線(xiàn)，只有當(dāng)差異超出了閾值，也就是說(shuō)黑色的線(xiàn)在兩條紅色線(xiàn)定義的區(qū)域之外的時(shí)候，才認(rèn)為是1個(gè)候選的DMR。 從圖上來(lái)看，每個(gè)DMR可以看作是從紅色線(xiàn)條定義的區(qū)域凸出來(lái)的部分，叫做bump。
在ChAMP 中，通過(guò)champ.DMR函數(shù)進(jìn)行差異甲基化區(qū)域分析
用法示例
myDMR <- champ.DMR()
champ.DMR 集成了3種差異甲基化區(qū)域分析算法：
Bumphunter
DMRcate
-
ProbeLasso
默認(rèn)使用的是Bumphunter算法，三種算法對(duì)應(yīng)的參數(shù)會(huì)有所不同，具體可以查看函數(shù)的幫助文檔。
DMR分析完成之后，為了控制假陽(yáng)性率，都會(huì)有一定的過(guò)濾手段。在ChAMP中，通過(guò)下列兩個(gè)條件對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾
minProbes
DMR區(qū)域包括了許多的CpG位點(diǎn)，每個(gè)Cp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)1個(gè)探針，這個(gè)參數(shù)指定包含的探針的最少個(gè)數(shù)，默認(rèn)為7，如果一個(gè)DMR覆蓋的探針數(shù)目少于7個(gè)，則不會(huì)輸出。
adjPvalDmr
這個(gè)參數(shù)就是我們最常用的校正之后的p值，默認(rèn)參數(shù)為0.05。
如果你的操作系統(tǒng)支持圖形界面，可以運(yùn)行DMR.GUI()命令，在瀏覽器中交互式的查看結(jié)果
DMRtable
差異甲基化區(qū)域的染色體區(qū)域和p值等基本信息
DMR heatmap
DMR 甲基化水平分布圖
每個(gè)DMR區(qū)間兩組樣本甲基化水平分布圖
