前言

目前的課題是10X單細(xì)胞測(cè)序(植物方面)，之前已經(jīng)把所有的流程基本走過一遍，現(xiàn)在就將自己的學(xué)習(xí)過程整理成筆記給大家分享一下，我在學(xué)習(xí)單細(xì)胞分析的時(shí)候主要跟著單細(xì)胞天地的公眾號(hào)和jimmy老師在B站上上傳的單細(xì)胞分析視頻進(jìn)行學(xué)習(xí)的，在前期的數(shù)據(jù)下載過程中也參考了劉小澤的文章，希望對(duì)大家能有所幫助。

數(shù)據(jù)來源：《Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA》文章中的部分?jǐn)?shù)據(jù)

數(shù)據(jù)下載

兩種方法

1.使用sratools

conda install -c daler sratoolkit

##sra數(shù)據(jù)下載加速
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
# 小心版本號(hào)有變動(dòng)，不要直接復(fù)制上面的命令
tar zxvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh
# 默認(rèn)安裝路徑 /home/user/.aspera


cat >SRR_Acc_List-2586-4.txt
SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942

cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i
do prefetch $i -O `pwd` && echo "** ${i}.sra done **"
done

2.利用ascp由ftp.ncbi下載測(cè)序數(shù)據(jù)

第一種情況下有的數(shù)據(jù)可能無法下載，也可以直接利用ascp下載，速度也很快

在EBI上搜索想要的SRR號(hào)，復(fù)制連接地址

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937

然后將地址按照如下格式修改

ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/008/SRR7722938 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/009/SRR7722939 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/000/SRR7722940 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/001/SRR7722941 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/002/SRR7722942 ./

參考鏈接

單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(一)：數(shù)據(jù)下載

【生信技能樹】使用10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)探索免疫治療