MACS2（Model-based Analysis of ChIP-seq）
usage：
macs2 callpeak -t TFILE -c CFILE -g GSIZE -n NAME
-t：--treatment file；
-c：Control file；
-f：--format {AUTO,BAM,SAM,BED...}，默認(rèn)為AUTO；
-g：GSIZE，Effective genome size，'hs' for human (2.7e9)，也就是2.7G；'mm' for mouse (1.87e9)；
-n：output NAME，Experiment name, which will be used to generate output file names. DEFAULT: "NA"；
正式開始啦~
vim macs2.sh
#!/bin/bash
for i in 807 809 810 811 812 813
do
macs2 callpeak -t SRR13764${i}.bam -c SRR13764817.bam -g hs -n SRR13764${i}_macs2 --outdir ~/chipseq/fastq/clean_data/macs2
done
#提交
qsub -N macs -cwd macs2.sh -q g5.q
生成4種格式的文件：
NAME_peaks.xls： 以表格形式存放peak信息，是1-based；
abs_summit：代表峰值； pileup：代表peak 峰值的高度（pileup height at peak summit)；-log10(pvalue) ：pvalue of the peak summit；fold_enrichment：peak的富集倍數(shù)；-log10(qvalue)：衡量錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率的指標(biāo)（FDR，F(xiàn)alse discovery rate，所有檢驗(yàn)中假陽性的概率）；
NAME_peaks.narrowPeak：Bed6 format（bed格式中的前六列），是0-based，NAME_peaks.xls坐標(biāo)-1是NAME_peaks.narrowPeak坐標(biāo)；
NAME_summits.bed：記錄每個(gè)peak的summits峰值；
NAME_model.r：能通過$ Rscript NAME_model.r作圖，得到基于提供數(shù)據(jù)的peak模型。
參考：如何使用MACS進(jìn)行peak calling - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
1-based 對(duì)應(yīng)堿基的位置 ( base-counted )，0-based 對(duì)應(yīng)兩個(gè)堿基之間的位置 ( space-counted )。參考0-based or 1-based? 詳解常見生信格式的染色體坐標(biāo)系統(tǒng) - 知乎 (zhihu.com)
narrowpeak file 轉(zhuǎn)換為 FASTA
上傳本地macs2分析的narrowpeak file到Galaxy，利用 Galaxy workflow從SRR13764813_macs2_summits.bed文件提取fasta文件 。
其中peak左右延伸250bp，central 100 bp 用于 de novo motif discovery, the flanking 400 bp作為negative control。
下載workflow
Search for Downloadable ENCODE Files in the Human Feb. 2009 (GRCh37/hg19) Assembly (ucsc.edu)
