首先利用muscle進(jìn)行多序列比對：“muscle -in 序列文件.fasta -out 輸出的比對結(jié)果文件.fasta”。

再利用raxml進(jìn)行進(jìn)化樹構(gòu)建：“/pub/anaconda3/bin/raxmlHPC-PTHREADS -m PROTGAMMAJTT -f a -p 123 -x 123 -# 100 -n out -s 多序列比對結(jié)果文件.fasta 1>tree.log 2>tree.err”。

raxmlHPC-PTHREADS是多線程版本的raxml

-m PROTGAMMAJTT? ? ?-m是指定模型，GAMMAJTT是氨基酸模型。

-f a? ? 用一種快速的bootstrap方法構(gòu)樹

-p 123? ? 隨機(jī)數(shù)種子

-x 123? ? ?快速bootstrap分析的隨機(jī)數(shù)種子

-# 100? ? ?做100次bootstrap分析

-n out? ? ? 指定輸出文件后綴out

-s 多序列比對結(jié)果文件.fasta? ? ? 指定輸入的多序列比對文件

1>tree.log 2>tree.err? ? ? ?保存日志和標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤輸出

輸出文件：

RAxML_info.out? ?日志信息

RAxML_bootstrap.out? ?每次bootstrap分析建出來的進(jìn)化樹結(jié)構(gòu)，共100次分析，故文件中包含100個(gè)進(jìn)化樹。

RAxML_bestTree.out? ?最終選擇的最佳進(jìn)化樹。

RAxML_bipartitions.out? ? 加入了自展值的進(jìn)化樹，自展值標(biāo)在小括號(hào)外面。

RAxML_bipartitionsBranchLabels.out? ? 與RAxML_bipartitions.out一樣，只不過自展值標(biāo)在方括號(hào)內(nèi)，一般選擇該文件進(jìn)行后續(xù)進(jìn)化樹美化，要在mega中打開的話需要將out后綴改為nwk。