生物信息分析的操作系統(tǒng)最流行莫過于Linux操作系統(tǒng)。原因有三點(diǎn)：長(zhǎng)期運(yùn)行的穩(wěn)定性；很多軟件只有Linux版本；強(qiáng)大的Bash命令簡(jiǎn)化重復(fù)性工作。上述三點(diǎn)原因會(huì)在你入行生物信息后逐漸浮現(xiàn)(believe me)。

——本人使用的Linux操作系統(tǒng)為Ubuntu

1.長(zhǎng)期運(yùn)行的穩(wěn)定性

使用過Windows系統(tǒng)可能知道，Windows很容易崩潰，而且一旦崩潰，可能導(dǎo)致系統(tǒng)核心受損、文件丟失等。相比較而言，Linux系統(tǒng)就十分穩(wěn)定。

2.很多軟件只有Linux版本

許多生物信息軟件只有Linux版本，而且只能使用命令行運(yùn)行，就好像很多游戲(LOL、CSGO等)只能在Windows運(yùn)行，因此想深入學(xué)習(xí)生物信息必須且只能學(xué)好Linux系統(tǒng)，加油吧！

3.強(qiáng)大的Bash命令

3.1文本文件的日常操作

文件垂直翻轉(zhuǎn)(第一行、最后一行對(duì)調(diào)): tac

文件水平翻轉(zhuǎn)(第一列、最后一列對(duì)調(diào)): rev

創(chuàng)建新文件: touch new.txt

編輯文件(可視化): gedit res.txt

編輯文件(命令行): vim res.txt --> 按i+enter進(jìn)入編輯模式 --> 按esc退出編輯模式 --> 按:wq退出并保存文件

創(chuàng)建文件軟鏈接(節(jié)省空間): ln -s source_file target_address

統(tǒng)計(jì)文本行數(shù): cat res.txt | wc -l

統(tǒng)計(jì)含某字符串行數(shù): cat res.txt | grep -w "word" | wc -l

獲得重復(fù)的行: sort res.txt | uniq -d

獲得每行重復(fù)的次數(shù): sort res.txt | uniq -c

文件排序(詳情請(qǐng)看man sort): sort res.txt

監(jiān)測(cè)命令運(yùn)行時(shí)間: time command

3.2批量運(yùn)行的腳本

3.3查看系統(tǒng)狀態(tài)

系統(tǒng)監(jiān)視器: gnome-system-monitor

強(qiáng)制終止程序的執(zhí)行并結(jié)束進(jìn)程: ctrl + c

中斷任務(wù)的執(zhí)行并放入進(jìn)程中維持掛起: ctrl + z

查看歷史命令: history

3.4配置環(huán)境變量

gedit .bashrc 修改home/user的環(huán)境變量 然后source .bashrc