寫在前面
記錄一下自己搜索的有用的回答，不定期更新。
1.包涵體的介紹
https://zhuanlan.zhihu.com/p/266976778
2.蛋白質(zhì)常用去垢劑介紹
https://zhuanlan.zhihu.com/p/337580691
https://zhuanlan.zhihu.com/p/364789453
http://jushengwu.com/zs-1/
3.蛋白質(zhì)和配體模擬的網(wǎng)站
https://zhuanlan.zhihu.com/p/367504054
4.文獻給的蛋白質(zhì)和配體模擬網(wǎng)站
https://proteins.plus/#dogsite
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
https://zhanggroup.org/COACH/
5.配體小分子網(wǎng)站
https://zinc.docking.org/
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ #這個仿佛只能用教育網(wǎng)絡(luò)才能登上去
6.建模網(wǎng)站
http://www.swissdock.ch/docking# #文獻里說它可以，但是我用非教育網(wǎng)絡(luò)楞是無法上傳PDB文件
7.O-glycosylated prediction
https://services.healthtech.dtu.dk/ #寶藏網(wǎng)站，不止可以用來做糖基化分析
8.zotero+堅果云管理你的文獻
https://zhuanlan.zhihu.com/p/112795057
9.分子對接
https://zhuanlan.zhihu.com/p/450241084
10.Autophagy
https://zhuanlan.zhihu.com/p/387796454
11.MaizeGDB 網(wǎng)頁版ID轉(zhuǎn)換
data centers-- gene/gene models--[Translate Gene Model IDs]
(https://www.maizegdb.org/gene_center/gene#translate)
這樣就可以完成不同格式ID的轉(zhuǎn)換，還可以自己本地做個list，直接grep一下，后面如果有空了可以嘗試搞一下，或者是被網(wǎng)頁工具搞爆炸了。
12.在interpro中使用pfam工具庫
pfam被interpro給收購了，但是基于HMM的基因家族蛋白提取還是需要pfam的，嘗試了一下可以這樣做。
登錄interpro-download-選擇pfam data HMM，將壓縮文件下載到本地，使用txt打開，然后根據(jù)你的結(jié)構(gòu)域的關(guān)鍵字，去搜索相應(yīng)的pfam ID，然后到Browse-my protein-pfam，輸入pfam ID就可以，一般是PFXXXX。如果有重名現(xiàn)象，可以根據(jù)基因描述來排除。http://www.itdecent.cn/p/48716fa7321b
13.蛋白質(zhì)組學(xué)的差異分析
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/541/
http://www.itdecent.cn/p/f009bea514af
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/13337826.html
http://www.itdecent.cn/p/cfcff6fc19bb
https://blog.csdn.net/qq_41421861/article/details/104686557
https://cloud.tencent.com/developer/article/1435246
14.繪制基因在物種的保守性
https://mp.weixin.qq.com/s/_9grMsRUx-KTLYRQxr1AsA
http://www.itdecent.cn/p/d2347bd0afbb
15.在線計算蛋白質(zhì)的等電點PI
1.https://web.expasy.org/compute_pi/
2.https://www.novopro.cn/tools/protein_iep.html
蛋白質(zhì)等電點的應(yīng)用：
蛋白質(zhì)在溶液中有兩性電離現(xiàn)象。假設(shè)某一溶液中含有一種蛋白質(zhì)。當pI=pH時該蛋白質(zhì)極性基團解離的正負離子數(shù)相等，凈電荷為0，此時的該溶液的是pH值是該蛋白質(zhì)的pI值。某一蛋白質(zhì)的pI大小是特定的，與該蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)有關(guān)，而與環(huán)境pH無關(guān)。
在某一pH溶液中當pH>pI時該蛋白質(zhì)帶負電荷，反之pH<pI時該蛋白質(zhì)帶正電荷，pH=pI時該蛋白質(zhì)不帶電荷。人體內(nèi)pH=7.4；而體內(nèi)大部分蛋白質(zhì)的 pI<6； 所以人體內(nèi)大部分蛋白質(zhì)帶負電荷。
在等電點時，蛋白質(zhì)分子以兩性離子形式存在，其分子凈電荷為零(即正負電荷相等)，此時蛋白質(zhì)分子顆粒在溶液中因沒有相同電荷的相互排斥，分子相互之間的作用力減弱，其顆粒極易碰撞、凝聚而產(chǎn)生沉淀，所以蛋白質(zhì)在等電點時，其溶解度最小，最易形成沉淀物。等電點時的許多物理性質(zhì)如黏度、膨脹性、滲透壓等都變小，從而有利于懸浮液的過濾。在等電點外的所有其他pH值，依據(jù)蛋白質(zhì)所帶凈電荷采用電泳和離子交換層析來分離和分離純化該蛋白質(zhì)。
等電點沉淀主要應(yīng)用于蛋白質(zhì)等兩性電解質(zhì)的分離提純，還可應(yīng)用于大豆異黃酮的分離：用等電點沉淀法脫去蛋白質(zhì)，可提高異黃酮制品的純度，異黃酮截留率為7.2%，蛋白質(zhì)截留率為91.1%。
16.milipore超濾管的選擇
https://zhuanlan.zhihu.com/p/398909204
17.植物免疫領(lǐng)域點評
https://ibook.antpedia.com/x/754565.html
18.蛋白亞細胞定位預(yù)測
WoLF PSORT比TargetP功能要全一些。
TargetP：TargetP 是一個預(yù)測蛋白質(zhì)亞細胞定位的工具，能夠預(yù)測是否存在信號肽，并指出該蛋白質(zhì)的目標位置（例如，是否定位到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體或其他細胞區(qū)室）。
WoLF PSORT：這是一個廣泛用于蛋白質(zhì)亞細胞定位的在線工具，能夠幫助預(yù)測信號肽是否指向細胞膜、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)或其他分泌路徑。 網(wǎng)址：https://wolfpsort.hgc.jp/
19.多重序列比較作圖，添加三維結(jié)構(gòu)，參考柴繼杰paper
https://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
https://zhuanlan.zhihu.com/p/628129368
20.蛋白質(zhì)設(shè)計相關(guān)的一些server
推斷蛋白質(zhì)口袋：
北大來魯華組
http://repharma.pku.edu.cn/cavityplus
http://www.pkumdl.cn/cavityplus
預(yù)測蛋白質(zhì)表面的hotspot：HotSpot Wizard 3.0
https://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard/
RFdiffussion/Chai-1 server
https://neurosnap.ai/overview
21.Conda的安裝及鏡像配置
https://cloud.tencent.com/developer/article/1889220
https://www.omicsclass.com/article/1159
