科研資源不同，自然選擇就不同。沒有科研經(jīng)費(fèi)的人會(huì)比較喜歡純生信數(shù)據(jù)挖掘這種模式；有科研經(jīng)費(fèi)的人可能更喜歡生信+實(shí)驗(yàn)這種模式。之前純生信數(shù)據(jù)挖掘的發(fā)文思路已經(jīng)分享了很多，所以這次我們分享一下GEO數(shù)據(jù)挖掘篩選關(guān)鍵基因，然后實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的發(fā)文思路。本次的參考范文發(fā)表在Thoracic Cancer上，影響因子：2.61，中科研分區(qū)：3區(qū)。

參考文章題目：KIF4A enhanced cell proliferation and migration via Hipposignaling and predicted a poor prognosis in esophagealsquamous cell carcinoma

參考文章鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/1759-7714.13787

分析思路：

1、從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中找到三套數(shù)據(jù)，然后分別使用GEO2R工具進(jìn)行差異分析，下載得到的差異基因，分別取三套數(shù)據(jù)差異基因的交集

2、將上面得到的差異基因進(jìn)行功能分析（GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析）及篩選hub基因

3、經(jīng)過Oncomine、UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)KIF4A值得進(jìn)行深入研究

4、通過Western blotting 和qRT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)KIF4A也是高表達(dá)的（ESCC vs normal），然后進(jìn)行相關(guān)生存分析

5、確定KIF4A在細(xì)胞系中的表達(dá)和轉(zhuǎn)染效率

6、確定KIF4A促進(jìn)ESCC細(xì)胞增殖

7、確定KIF4A增強(qiáng)ESCC細(xì)胞的遷移能力

8、確定KIF4A通過激活Hippo-YAP信號(hào)通路來促進(jìn)ESCC細(xì)胞遷移和增殖

這篇文章做的實(shí)驗(yàn)還是挺多的，錢估計(jì)也花了不少，但是文章卻發(fā)了2.61分的期刊，投入的科研經(jīng)費(fèi)與文章成果的出入有點(diǎn)大，比很多純生信數(shù)據(jù)挖掘的文章要低分。不過也不出奇，之前也有粉絲朋友爆料說花了差不多一百萬經(jīng)費(fèi)，最后就發(fā)了兩篇2-3分的文章。可見，有錢也不一定能發(fā)高分文章，但是有錢發(fā)高分文章的機(jī)會(huì)更大，選擇更多，很多沒有錢的朋友只能做一下數(shù)據(jù)挖掘和meta分析。