常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（核酸，蛋白）

數(shù)據(jù)庫(kù)

1、PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)

檢索技巧

- AU：作者

- TI：標(biāo)題

- AB：摘要

- AD：地址

示例：dUTPase [TIAB] Beijing [AD]

2、GenBank核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)

一級(jí)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)包括：GenBank(NCBI)、ENA（EMBL）、DDBJ（NIJ)

3、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)Ensemble

4、微生物宏基因組數(shù)據(jù)庫(kù)JCVI

5、二級(jí)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)

6、一級(jí)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)）

  • Swiss-Prot 人工注釋

  • TrEMBL 計(jì)算機(jī)翻譯除去Swiss-Prot中的序列

  • PIR 蛋白質(zhì)信息資源數(shù)據(jù)庫(kù)

  • UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)有三層：UniParc（所有序列）、UniRef（去除重復(fù)序列）、UniProtKB（Swiss-Prot、TrEMBL）

7、一級(jí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)

PDB數(shù)據(jù)庫(kù)

8、二級(jí)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

  • Pfam：根據(jù)序列來(lái)推知未知功能的蛋白質(zhì)上有哪些已知的結(jié)構(gòu)域

  • CATH：Class、Architecture、Topology、Homologous superfamily 以結(jié)構(gòu)域分類(lèi)，包括PDB的蛋白質(zhì)和公共數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)序列做出的預(yù)測(cè)

  • SCOP2 主要關(guān)注進(jìn)化關(guān)系，依賴于人工驗(yàn)證

9、專(zhuān)用數(shù)據(jù)庫(kù)

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