【工具】Galaxy(training)生信平臺(tái)資源

Galaxy(https://galaxyproject.org/use/)生物信息分析平臺(tái)是目前生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域最受歡迎的在線生物信息分析工具之一,其后臺(tái)封裝了很多高端的計(jì)算工具,并且在網(wǎng)頁(yè)的前端給這些工具以直觀的使用界面而把計(jì)算和存儲(chǔ)管理的細(xì)節(jié)隱藏起來(lái)。

生信平臺(tái)化是以后的一大趨勢(shì),目前國(guó)內(nèi)外多個(gè)公司都建立了自己的生信分析平臺(tái),有全免費(fèi)的也有部分免費(fèi)的。目前開放的比較有名的有:Galaxy,GenePattern,GenomeQuest,UCSC,DNAnexus等。

Galaxy大部分是免費(fèi)的,官網(wǎng)的原話:

  • Almost all of them are free to use (Commercial clouds are the exception)
  • Almost all of them are open to everyone (Academic clouds are the exception).
  • All of the resources can be used, either immediately, or shortly after getting an account.

首頁(yè)對(duì)各類服務(wù)器進(jìn)行了分類:


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比如,這里找了個(gè)Metabolomics workflow
https://galaxyproject.org/use/workflow4metabolomics/

更多詳細(xì)的資源在這個(gè)界面,旁邊有非常多的工具https://usegalaxy.org/

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這里怎么有個(gè)人去世了,年紀(jì)輕輕的,是因?yàn)樾鹿趩幔?/em>

沒用過(guò),現(xiàn)在也不知道怎么用,尤其是部署自己的服務(wù)器,對(duì)Galaxy平臺(tái)進(jìn)行本地化搭建,貌似有些麻煩,后續(xù)有機(jī)會(huì)摸索。

此外,在Github上收集了不少Galaxy Training的內(nèi)容,資源不是一般多,關(guān)鍵怎么利用的問題。https://galaxyproject.github.io/training-material/

僅僅Proteomics就有一系列內(nèi)容https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/proteomics/

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Ref:
http://www.itdecent.cn/p/8084f27b91e9
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/683/

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