2019.12.4
不知道為啥我的注冊碼激活不了，試了很久，都不行，哎。出現(xiàn)Please use the OmicsBox Launcher的錯誤。記錄一下老師上課演示的吧。
分子標(biāo)記被SNP代替（SSR沒那么好了）
Blast2GO（商用）基因注釋
現(xiàn)在很重要的是：二代、三代測序數(shù)據(jù)的分析、SNP個(gè)體的基因型。
結(jié)果Hits20（比對NR庫，20條序列），會有的沒比對上。GO數(shù)據(jù)庫局部有的會比NR庫詳細(xì)。
OmicsBox Example Workflows
fasta-blast-mappping-annotation-graphs-charts（blast花費(fèi)時(shí)間最長）
(1) Load-Load Sequences-Load Example Sequences(比對完成，字體顏色變成藍(lán)色)
(2) Load-Load Blast Results-Load Blast Results(XML/Zip)-Create new project-select folder(直接導(dǎo)入文件夾，選擇add files也行，導(dǎo)入文件)?
(3) functional analysis-Blast2GO Mapping-Run GO Mapping
(4)?functional analysis-Blast2GO Annotation-Run Annotation-Blast-Species Distribution
選擇Number of GOs/Seq-Length? ? ?GO Distribution by level 點(diǎn)擊run。
GO IDS有3條 F分子功能? ?C細(xì)胞組分
GO注釋：詞條描述（BP生物過程、MF分子功能、CC細(xì)胞組分）結(jié)果點(diǎn)右鍵(GO IDS上)-Mapping graph
基因注釋就是那樣，沒那么復(fù)雜。代謝組畫不出來（在KEGG里畫）
EC:酶 右擊，沒有KEGG詞條（在DDBJ里）提交酶序列號，進(jìn)行注釋。Blast2GO? EC:酶 右擊，以前有KEGG，現(xiàn)在沒有了。
基因組有幾萬個(gè)SNP，表型和分子連接點(diǎn)。
表型、SNP（測得的），用全基因組關(guān)聯(lián)分析。
高通量測序數(shù)據(jù)，會用perl編程，把信息提取出來，用代碼分析VCR,用perl提取基因型。
