前言
做生信的小朋友看到別人文章里面的多序列比對(duì)圖是不是感覺特別好看，特別養(yǎng)眼，但是讓自己去做，出的圖真是慘不忍睹，無法直視，被老板ds，沒辦法，因?yàn)槟銈儧]有找到好用的軟件，還有你也沒要找到正確的使用方法。
由于軟件的功能限制，一些比對(duì)軟件生成的比對(duì)文件，如Clustalx的*.aln文件，可讀性差，無法滿足高水平文章的要求。因此，在實(shí)際操作過程中，需要對(duì)一些多重序列比對(duì)的文件進(jìn)行著色美化。今天，我就給小伙伴介紹一下今天的主角：多序列比對(duì)軟件GeneDoc。

GeneDoc簡介

GeneDoc是蛋白質(zhì)和DNA序列同源比較的輔助軟件，它不能對(duì)多個(gè)序列以某種算法進(jìn)行自動(dòng)比較，但是能對(duì)其他軟件的比較結(jié)果進(jìn)一步處理。如編輯和修改，用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性，并輸出各種漂亮的圖形格式。

GeneDoc下載地址：

https://github.com/karlnicholas/GeneDoc

GeneDoc使用

1.多序列比對(duì)數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

這里我們我們利用上一篇文章的19條SPL15蛋白序列為例，利用MEGA7進(jìn)行多序列比對(duì)。

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導(dǎo)出比對(duì)好的多序列文件，命名為19.fas

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2、導(dǎo)入多序列比對(duì)結(jié)果進(jìn)GeneDoc

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點(diǎn)擊Done確定

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2、多序列比對(duì)結(jié)果美化設(shè)置參數(shù)

點(diǎn)擊C進(jìn)去進(jìn)行參數(shù)設(shè)置，點(diǎn)擊Project，選擇保守序列不顯示，同時(shí)對(duì)字體顏色進(jìn)行設(shè)置，點(diǎn)擊確定

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3、多序列比對(duì)文件圖片導(dǎo)出

具體操作為：點(diǎn)擊 Edit → Select Blocks for Copy，選擇要導(dǎo)出的序列。

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選中后如下圖所示：

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粘貼到ppt中保存即可

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4、還有一種比較好用的暫時(shí)沒人發(fā)現(xiàn)的導(dǎo)出功能，利用虛擬打印機(jī)導(dǎo)出矢量圖（一般人不會(huì)告訴你的，這是唯一的一篇介紹這種這種功能的推文）

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5、利用矢量圖軟件AI進(jìn)行序列美化修飾

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生信漫談

生信漫談，認(rèn)識(shí)生信，學(xué)習(xí)生信，跨越生信入門路上的障礙，從而利用生信技術(shù)解決科研學(xué)習(xí)路上的絆腳石！