數(shù)學(xué),電腦與生命

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一 信息時(shí)代開啟數(shù)學(xué)加持生命

大部分現(xiàn)代數(shù)學(xué)是通過與物理互動形成的,長達(dá)4個(gè)世紀(jì)。

隨著生命科學(xué)突出地位的增加,類似互動也開始了。

正如人類為了解物理世界,而誕生了純粹數(shù)學(xué)和應(yīng)用數(shù)學(xué)。

未來,了解生命世界的強(qiáng)烈要求,也將會誕生新的數(shù)學(xué)。

相對材料學(xué),等離子體物理學(xué)或宇宙學(xué),生命科學(xué)面對的是

(1)更加模糊的問題,

(2)生物世界時(shí)空尺度更廣闊,

(3)非定量的,極其復(fù)雜的組織特征。

不同的互作組分的數(shù)量是巨大的,而且都可以擁有個(gè)體特點(diǎn)和偶然屬性并受歷史事件的影響。

研究系統(tǒng)通常是遠(yuǎn)離平衡甚至是遠(yuǎn)離穩(wěn)定的平穩(wěn)狀態(tài)的。

組分間高階相互作用是普遍的情況:最簡單的細(xì)胞中的反饋調(diào)控量大大超過了目前人類設(shè)計(jì)的設(shè)備所能容納的量。正是對反饋調(diào)控的依賴性對生命系統(tǒng)的穩(wěn)健性做出了解釋。

在一個(gè)空間或時(shí)間尺度上的小事件往往在另一個(gè)非常不同的尺度上有很大影響。

我稱之為“跨尺度蝴蝶效應(yīng)”。

世界科學(xué)家期待著它對數(shù)學(xué)的更多影響,產(chǎn)生全新的更高級的數(shù)學(xué)分支。

生物學(xué)中的概念經(jīng)常用簡單的,語言描述的或可視的完全定性的模型來解釋說明。

例如大多數(shù)基因調(diào)控電路,哪些組分抑制,哪些激活。

其它的模型可用數(shù)學(xué)公式:

理想掠奪者-被掠奪者相互作用的簡單微分方程就屬于這一類。

為了捕捉大型的真實(shí)數(shù)據(jù)集的細(xì)微特性而設(shè)計(jì)的復(fù)雜模型也是多種多樣,有些是多組偏微分方程。為了捕捉?jīng)]有有效的生物學(xué)機(jī)制作參照的數(shù)據(jù)集的細(xì)微統(tǒng)計(jì)性質(zhì),人們還設(shè)計(jì)了其它模型。眾多是隨機(jī)模型。

如DNA序列之間或由離散的表型集合定義的生物體之間可能具有親緣關(guān)系的結(jié)合模型。轉(zhuǎn)錄因子在基因調(diào)控區(qū)域的結(jié)合位點(diǎn)的隱馬爾可夫模型也屬此類。

二 計(jì)算科技介入生命科學(xué)

我們知道,現(xiàn)代生物模式常常被擴(kuò)展到數(shù)值計(jì)算。

這種過程其實(shí)是從生物學(xué)中與物理科學(xué)密切關(guān)聯(lián)的一些領(lǐng)域開始的,如蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測定。然后逐漸蔓延至每一個(gè)生物學(xué)領(lǐng)域。

當(dāng)一個(gè)分析模型被逐步改進(jìn)到很好地表達(dá)某個(gè)生物系統(tǒng)的程度時(shí),它們通常是難以用解析方法處理的,所以生物學(xué)家必須求助于計(jì)算機(jī)計(jì)算。

計(jì)算技術(shù)已解決靜電學(xué),擴(kuò)散過程,彈性和流體力學(xué)等問題。

生物學(xué)領(lǐng)域的需求更具有挑戰(zhàn)性。多尺度,確定性和隨機(jī)性摻雜。

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