說到三維基因組可視化，就不得不說一下washU（http://epigenomegateway.wustl.edu/）了。washU相當(dāng)于IGV的升級(jí)版，一向被三維基因組CNS級(jí)別的文章所鐘情，能夠產(chǎn)生極其fancy的效果，是三維基因的可視化神器。
washU 目前支持包括人，小鼠，黑猩猩，斑馬魚等一系列物種。如下圖所示。
你可以選擇你需要的基因和版本進(jìn)行可視化分析。
在選取了基因組版本號(hào)之后，你可以在搜索??框中，選擇你所關(guān)注的基因或者SNP（如下圖）：
在選擇完了關(guān)注的位點(diǎn)之后，你就可以通過view Local Tracks 導(dǎo)入你本地的文件。
washU 支持的文件包括bigwig，bed，bam等等（如下所示）。
像bam，bigwig，bed文件可以導(dǎo)入washU，以峰圖的形式呈現(xiàn)。
那么如何導(dǎo)入呢？有兩種方式，一方面是剛剛所說的 本地上傳 ，另一方面是通過URL提供數(shù)據(jù)，如下圖：
知道了數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)的上傳方式，那么我們?nèi)绾螠?zhǔn)備數(shù)據(jù)呢？
首先看bed文件（如下圖）：
包括4列： chr ，start，end ，value（如下圖）
處理命令如下：
sort -k1,1 -k2,2n track.bedgraph > track.bedgraph.sorted? #對(duì)bedgraph進(jìn)行排序bgzip? track.bedgraph.sorted? # 對(duì)bedgraph進(jìn)行壓縮
tabix -p bed track.bedgraph.sorted.gz? #對(duì)壓縮后的bedgraph 建立索
bgzip安裝如下：
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.2/bcftools-1.2.tar.bz2?
tar xvf bcftools-1.2.tar.bz2
cd bcftools-1.2
makemake install
samtools sort test.bam > test.sorted.bam ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ?samtools ?index test.sorted.bam
bam文件有兩種顯示方式，一方面是顯示每條reads 的信息，另一方面是顯示峰圖。
bam文件必須先sort再導(dǎo)入washU。
甲基化數(shù)據(jù)也可以用washU來展示（如下圖所示）
甲基化數(shù)據(jù)格式如下：
第一到三列代表甲基化位點(diǎn)的position
第四列代表甲基化的類型
第五列代表甲基化水平
第六列代表 正負(fù)鏈
第七列代表位點(diǎn)的覆蓋深度
Hi-C數(shù)據(jù)可視化主要分為兩種，一種是loop結(jié)構(gòu)，一種是三角熱圖。其中三角熱圖數(shù)據(jù)采用.hic 文件格式。
.hic 文件主要是Juicer 產(chǎn)生的文件格式。
longrange
The?longrange?track is a?bed?format-like file type. Each row contains columns from left to right:?chromosome,?start?position?(0-based), and?end?position?(not included), interaction target in this format?chr2:333-444,55. As an example, interval “chr1:111-222” interacts with interval “chr2:333-444” on a score of 55, we will use following two lines to represent this interaction:
第一列： loop 左端的染色體編號(hào)
第二列：loop左端的起始位置
第三列：loop左端的終止位置
第四列：loop右端的位置以及交互數(shù)值。
此外，washU還支持calling card track 格式如下：
那么針對(duì)以上文件總結(jié)而言：
bgzip track.bedgraph.sorted?
tabix -p bed track.bedgraph.sorted.gz
針對(duì)bedgraph文件都要用bgzip壓縮并建立索引。
那么最后舉個(gè)例子，在導(dǎo)入longrange，以及bam或者bigwig，我們基本就有了下面這張類似與文獻(xiàn)里的圖。
