花花寫于2020-3-20 公司的第二期線上培訓(xùn)，我的部分還剩明天最后一次課，講完又能休息一周。不過由于要增加數(shù)據(jù)挖掘線上新課，下周要做研發(fā)。劇透一下，線上的數(shù)據(jù)挖掘課要加上TCGA了，我表示鴨梨山大。

從使用者的角度，調(diào)用長篇使用文檔用browseVignettes函數(shù)，比如：

browseVignettes("clusterProfiler")

從開發(fā)這的角度，創(chuàng)建這個(gè)文檔，書中寫的非常簡單：
使用devtools::use_vignette("my-vignette")命令，即可生成指南的模板，為rmd格式。
修改文檔后，和其他rmd文檔一樣，用knit預(yù)覽即可。
但在使用過程中出現(xiàn)了問題：

devtools::use_vignette("my-vignette")
Error: 'use_vignette' is not an exported object from 'namespace:devtools'

這就很尷尬了，書上的原文出了問題，這可咋整。
根據(jù)報(bào)錯(cuò)信息，這個(gè)就約等于“找不到函數(shù)”，所以看了一下包里的函數(shù)，這個(gè)use_vignette是真的沒有。

書和包都是hadlay寫的，絕不會(huì)有錯(cuò)，這就說明devtools更新了，這個(gè)函數(shù)過時(shí)了。

尋找替代函數(shù)

我想到，可能是這個(gè)函數(shù)被替代了吧，所以搜一下有沒有其他的含有vignette的函數(shù)：

x = ls("package:devtools")
> library(devtools)
> library(stringr)
> str_subset(x,"vignette")
[1] "build_vignettes" "clean_vignettes"

只有 "build_vignettes" "clean_vignettes"這兩個(gè)，研究了一下 "build_vignettes" ，好像并不是use_vignettes的替代。

所以現(xiàn)在問題就是，找到含有這個(gè)函數(shù)的devtools版本，并且安裝這個(gè)歷史版本的包。

尋找歷史版本

搜索devtools::use_vignette() deprecated，找到了這個(gè)鏈接：https://cran.r-project.org/web/packages/devtools/news/news.html

安裝歷史版本

搜索install.packages old version，找到了這個(gè)鏈接：
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/219949047-Installing-older-versions-of-packages

其中給出了歷史版本存放的位置，從中可以找到devtools：
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/devtools/
從上面的鏈接里找到安裝代碼，替換一下鏈接就可以安裝2.1.0的上一個(gè)版本，2.0.2就可以。

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/devtools/devtools_2.0.2.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

然后就可以用了，費(fèi)了一番功夫，不過也學(xué)到了一點(diǎn)新知識(shí)，即安裝歷史版本的R包。
書中后續(xù)都是在介紹rmarkdown的語法，那些我都會(huì)了，就不寫了。

花花寫于2020-3-20 公司的第二期線上培訓(xùn)，我的部分還剩明天最后一次課，講完又能休息一周。不過由于要增加數(shù)據(jù)挖掘線上新課，下周要做研發(fā)。劇透一下，線上的數(shù)據(jù)挖掘課要加上TCGA了，我表示鴨梨山大。

從使用者的角度，調(diào)用長篇使用文檔用browseVignettes函數(shù)，比如：

browseVignettes("clusterProfiler")

從開發(fā)這的角度，創(chuàng)建這個(gè)文檔，書中寫的非常簡單：
使用devtools::use_vignette("my-vignette")命令，即可生成指南的模板，為rmd格式。
修改文檔后，和其他rmd文檔一樣，用knit預(yù)覽即可。
但在使用過程中出現(xiàn)了問題：

devtools::use_vignette("my-vignette")
Error: 'use_vignette' is not an exported object from 'namespace:devtools'

這就很尷尬了，書上的原文出了問題，這可咋整。
根據(jù)報(bào)錯(cuò)信息，這個(gè)就約等于“找不到函數(shù)”，所以看了一下包里的函數(shù)，這個(gè)use_vignette是真的沒有。

書和包都是hadlay寫的，絕不會(huì)有錯(cuò)，這就說明devtools更新了，這個(gè)函數(shù)過時(shí)了。

尋找替代函數(shù)

我想到，可能是這個(gè)函數(shù)被替代了吧，所以搜一下有沒有其他的含有vignette的函數(shù)：

x = ls("package:devtools")
> library(devtools)
> library(stringr)
> str_subset(x,"vignette")
[1] "build_vignettes" "clean_vignettes"

只有 "build_vignettes" "clean_vignettes"這兩個(gè)，研究了一下 "build_vignettes" ，好像并不是use_vignettes的替代。

所以現(xiàn)在問題就是，找到含有這個(gè)函數(shù)的devtools版本，并且安裝這個(gè)歷史版本的包。

尋找歷史版本

搜索devtools::use_vignette() deprecated，找到了這個(gè)鏈接：https://cran.r-project.org/web/packages/devtools/news/news.html

安裝歷史版本

搜索install.packages old version，找到了這個(gè)鏈接：
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/219949047-Installing-older-versions-of-packages

其中給出了歷史版本存放的位置，從中可以找到devtools：
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/devtools/
從上面的鏈接里找到安裝代碼，替換一下鏈接就可以安裝2.1.0的上一個(gè)版本，2.0.2就可以。

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/devtools/devtools_2.0.2.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

然后就可以用了，費(fèi)了一番功夫，不過也學(xué)到了一點(diǎn)新知識(shí)，即安裝歷史版本的R包。
書中后續(xù)都是在介紹rmarkdown的語法，那些我都會(huì)了，就不寫了。