對(duì)于基礎(chǔ)科研同學(xué)而言，生信最大的作用可能就是篩選靶標(biāo)，用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)了。。。。

從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)以及TCGA數(shù)據(jù)中獲取芯片數(shù)據(jù)并從中篩選基因的流程我們已經(jīng)介紹了很多，但是不知童鞋們是否有這樣的困惑——篩選出來(lái)的基因數(shù)量過(guò)多？一張PPI網(wǎng)絡(luò)圖做出來(lái)三四百個(gè)基因，電腦直接就報(bào)警了！KEGG分析出來(lái)全是Cancer pathway，cell cycle這樣的可能包含上百個(gè)基因的信號(hào)通路，進(jìn)一步研究根本無(wú)從著手。今天就教大家?guī)渍腥绾芜M(jìn)一步篩選基因，“ 刨”出我們想要的基因。

調(diào)整芯片數(shù)據(jù)差異基因篩選標(biāo)準(zhǔn)

一般我們篩選差異基因的標(biāo)準(zhǔn)是p-value<0.05和FC的絕對(duì)值>2，如果你做的是癌和癌旁組織的芯片數(shù)據(jù)分析，那么可以預(yù)見到的是，你將篩出好幾千個(gè)基因，接下來(lái)不論是做GO和KEGG分析，還是做PPI網(wǎng)絡(luò)分析都無(wú)法得到什么有效的結(jié)果。這里大家可以使用q-value<0.05以及提高FC的閾值來(lái)減少基因數(shù)量【滿足最低標(biāo)準(zhǔn)p＜0.05，其他可以自由調(diào)整的】。

KEGG模塊分析

利用Cytoscape的App——ClueGO對(duì)差異基因進(jìn)行分析，它可以對(duì)差異基因相關(guān)的KEGG信號(hào)通路進(jìn)行模塊分組，比如下圖中Bladder cancer這一模塊就包含了多個(gè)信號(hào)通路（淡藍(lán)色）。接下來(lái)再進(jìn)行PPI分析，從網(wǎng)絡(luò)中篩選出拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)處于中心位置的基因。

PPI網(wǎng)絡(luò)篩選

先做PPI網(wǎng)絡(luò)，在STRING中上調(diào)閾值，去除網(wǎng)絡(luò)中孤立節(jié)點(diǎn)，然后再進(jìn)行功能分析。

PPI網(wǎng)絡(luò)模塊分析

PPI網(wǎng)絡(luò)中往往很多蛋白扎堆存在，Cytoscape中的MCODE插件可以將這些復(fù)雜的小團(tuán)體從整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中抽提出來(lái)，接下來(lái)再單獨(dú)進(jìn)行功能分析。