想著好久沒更新了，但我的粉絲們還是會經(jīng)常來看看我，所以，決定把最近學(xué)的東西掛出來。
搜了下中文網(wǎng)，幾乎沒有對這個方法進(jìn)行介紹的，一個可能是新出的，一個可能是手里沒有大樣本，不進(jìn)行這樣的處理，實(shí)用性不強(qiáng)。
但作為科研狗，必要的方法還是要知道一些的，尤其是專門為UKBB這么大項目開發(fā)的方法。開始吧~
（UKBB是啥？是英國50萬人的大項目，數(shù)據(jù)涵蓋基因、生活習(xí)慣、影像數(shù)據(jù)、唾液尿液樣本、疾病等等，自己百度吧）
簡單介紹
這個方法是干啥的：一個感興趣的trait（可以是一個snp，也可以是PRS多基因危險分?jǐn)?shù)、也可以是一個表型）與多個表型之間的相關(guān)分析。
有點(diǎn)暈是不？回顧一下GWAS，是一個表型和全基因組的相關(guān)分析，phesant就倒過來了，是一個snp和全部表型的相關(guān)分析。也可以是一個表型和其他全部表型的相關(guān)分析。還沒懂得同學(xué)認(rèn)真理解下吧，畫個圖。
這個軟件好在哪呢：專門為UKBB設(shè)計的，UKBB的表型，不知大家看過它的表型分類庫沒，那叫一個多，分好幾級別，看鏈接http://biobank.ctsu.ox.ac.uk/showcase/browse.cgi?id=-2，有嚴(yán)格的等級制度，表型數(shù)量也是十分龐大啊，而且每個指標(biāo)的值類型都不一樣，所以用到的相關(guān)分析模型也不一樣，這可咋辦，沒有現(xiàn)成的軟件，只能自己開發(fā)啦，瞧瞧他們平地而起的樣本庫，開發(fā)一個軟件不是分分鐘的事，于是就有了phesant。號稱自動進(jìn)行表型掃描并自動選擇相關(guān)分析模型，做相關(guān)分析的軟件。
好不好只有合適才是最重要的，自己看吧！
先上圖，一作通訊都是她。感興趣的看全文吧。
再上圖，github打開界面，附鏈接：https://github.com/MRCIEU/PHESANT
表型主要分為四大類，如圖，然后進(jìn)行細(xì)分，再歸類到不同的相關(guān)分析中。
跑程序
總共分三步：
1.掃描表型、相關(guān)分析
2.合并結(jié)果
3.結(jié)果可視化。
前兩個用R語言，最后一個用JAVA。
第一步：掃描表型文件，做相關(guān)分析
1.準(zhǔn)備文件：
（1）表型文件：像這樣。
（2）the trait of interest 文件（一個snp or PRS or trait）：像這樣
（3）協(xié)變量：可以加在上面的表型文件里。
（4）數(shù)據(jù)代碼文件（data coding）:長這樣。這個比較復(fù)雜，自己數(shù)據(jù)的話就要在這塊下功夫。
（5）變量信息文件（variable information）：長這樣。這個就是表型的基本信息。
2.開始跑代碼
也可以跑并行。
一個步就ok啦，上結(jié)果圖。
第二部：合并結(jié)果
看結(jié)果圖：
第三步：可視化（java）
上代碼：
cd bin/ java -cp
.:../jar/json-simple-1.1\ 2.jar ResultsToJSON <RESULTS_FILE_PATH> "../node-positions.csv" "../web/java-json.json"
python -m http.server --bind 服務(wù)器ip 8000?
就得到結(jié)果圖啦
看一下她文獻(xiàn)中10624個表型和BMI的PRS做相關(guān)的結(jié)果，密集恐懼癥啊。
講完啦~當(dāng)然啦，自己要用的話還得花時間去看，我就是拋磚引玉。大家加油吧！
為祖國的生信事業(yè)做貢獻(xiàn)！
有問題可留言交流！愛你們的小菜鳥！
