本目錄為單細(xì)胞相關(guān)分享索引，持續(xù)更新....
1.上游數(shù)據(jù)處理
01.單細(xì)胞測(cè)序上游-數(shù)據(jù)下載（適用于圖形化界面）
02.單細(xì)胞測(cè)序上游-從原始數(shù)據(jù)下載到cellranger定量
2.單細(xì)胞下游分析
01.單細(xì)胞入門-Seurat對(duì)象創(chuàng)建
02.認(rèn)識(shí)Seurat對(duì)象
03.單細(xì)胞數(shù)據(jù)質(zhì)控及降維標(biāo)準(zhǔn)流程 ||更新：使用SCTransform標(biāo)準(zhǔn)化
04.單細(xì)胞亞群注釋
05.單細(xì)胞注釋-marker參考
進(jìn)階：
排除腫瘤樣本中的正常上皮細(xì)胞:
一、infercnv:
01.infercnv-區(qū)分腫瘤樣本中的正常上皮細(xì)胞-infercnv運(yùn)行
02.infercnv-區(qū)分腫瘤樣本中的正常上皮細(xì)胞-infercnv結(jié)果處理
二、Nature Communications方法參考
腫瘤樣本中的正常上皮鑒定-參考Nature Communications
GSVA:
01.單細(xì)胞分組水平GSVA及可視化
轉(zhuǎn)錄因子分析:
pySCENIC-基于Python的轉(zhuǎn)錄因子分析
細(xì)胞交互：
CellphoneDB
雙細(xì)胞去除：
Scrublet工具去除雙細(xì)胞-批量運(yùn)行
3.處理細(xì)節(jié)
01.單細(xì)胞降維最佳PC數(shù)量選取
02.取細(xì)胞子集后的Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程（簡(jiǎn)潔版）
03.查看不同粒度下的分群走向
04.尋找所有亞群的差異基因并輸出
Hayley筆記-單細(xì)胞處理細(xì)節(jié)（很全面）
05.清空不同Resolution分群走向的歷史信息
4.其他
01.腳本提交至服務(wù)器后臺(tái)運(yùn)行-nohup
問題交流：
Email: xuran@hrbmu.edu.cn
