最近要做轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的pipeline，很是頭疼，想了很多也不太清楚到底要怎么做，最近聽說(shuō)有個(gè)galaxy可以搭建生信分析平臺(tái)，就來(lái)學(xué)習(xí)一下 ~~~~（真真是學(xué)海無(wú)涯啊。。。。）
一.簡(jiǎn)介
簡(jiǎn)介啥啥的就不說(shuō)了，總之就是一個(gè)開源的可以搭建生信分析流程的框架平臺(tái)，感興趣的可以百度
官網(wǎng)：https://usegalaxy.org
github：https://github.com/galaxyproject/galaxy
二.安裝
1.安裝環(huán)境：
（1）Ubuntu/Unix/Mac OSX
（2）Python 2.7
2.下載、安裝
習(xí)慣給安裝的軟件創(chuàng)建一個(gè)文件夾，我的叫做RNA_seq_software，如下圖所示，下載
圖片.png
注：如果已有本地克隆想要更新
$ git fetch origin && git checkout release_19.01 && git pull --ff-only origin release_19.01
注：查看最新版本
https://github.com/galaxyproject/galaxy/compare?expand=1
3.啟動(dòng)
（1）找到 run.sh 執(zhí)行就行。第一次啟動(dòng)會(huì)下載安裝很多依賴文件，需要很長(zhǎng)時(shí)間，耐心等待。
sh run.sh
（2）第二次啟動(dòng)可以使用nohup命令讓其后臺(tái)一直運(yùn)行。
nohup ./run.sh &
（3）啟動(dòng)完成后，本機(jī)瀏覽器網(wǎng)址欄輸入http://localhost:8080/（localhost指的是本機(jī)的IP）
4.配置
Galaxy后續(xù)如果要進(jìn)行軟件安裝，管理用戶等操作，就必須要先要成為管理員。
（1）注冊(cè)：
首先在galaxy進(jìn)行注冊(cè)
圖片.png
注：圖片來(lái)自簡(jiǎn)書hoptop大神
（2）修改galaxy.yml
1>復(fù)制一個(gè)文件，并重命名為galaxy.yml
圖片.png
2>修改galaxy.yml
圖片.png
在這個(gè)文件中，找到admin_users:'' ，將這個(gè)改成 admin_users ：'注冊(cè)郵箱號(hào)'
圖片.png
（3）重新啟動(dòng)
sh run.sh
啟動(dòng)成功,訪問http://localhost:8080/會(huì)看見上方工具欄出現(xiàn)admin
圖片.png
5.安裝軟件
圖片.png
注：按照?qǐng)D上的順序操作（示例是展示搜索安裝signalp這個(gè)軟件）
主要參考：
1.https://galaxyproject.org/admin/get-galaxy/
2.http://www.itdecent.cn/p/a1f297eb4859?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg
3.http://www.itdecent.cn/p/045978fe08e4
這一篇就先學(xué)到這里，下一步準(zhǔn)備學(xué)習(xí)一下如何設(shè)置成可以網(wǎng)頁(yè)訪問以及工具欄的布局
