R語言可視化（九）：韋恩圖繪制 - 簡書 (jianshu.com)
R語言：VennDiagram繪制venn圖 - 簡書 (jianshu.com)

)AW19@`V{NG1R6KUU{@8YQF.png

library(data.table)


cell<-fread("cell.txt",data.table = F)
shangqing<-fread("shangqing.txt",data.table = F)


#############一、數(shù)據(jù)過濾

##############1.5
cell.fil <- cell[cell$`P-value`<0.05 & cell$`Fold Change`>1.5,]
shangqing.fil<-shangqing[shangqing$`P-value`<0.05 & shangqing$`Fold Change`>1.5,]


##############1.2
cell.fil <- cell[cell$`P-value`<0.05 & cell$`Fold Change`>1.2,]
shangqing.fil<-shangqing[shangqing$`P-value`<0.05 & shangqing$`Fold Change`>1.2,]





##############二、算p值
# 轉(zhuǎn)化為列表數(shù)據(jù)類型
dat <- list(KPC.cells=cell.fil$Metabolite,KPC.supernatant=shangqing.fil$Metabolite)
n.bk <- length(unique(unlist(dat)))

#SuperExactTest
library(SuperExactTest)

##############
mset.res <- MSET(x = dat, # 定義的列表數(shù)據(jù)
                 n = 823, # n為背景群體數(shù)量，如基因總數(shù)，或這里的總的英文字母數(shù)26
                 lower.tail = FALSE) #lower.tail=FALSE表示計算上側(cè)拖尾P值(統(tǒng)計量大于一個觀察到的值概率)，即這里要計算的多個數(shù)據(jù)集重疊顯著P值

p.value <- mset.res$p.value

# 打印pvalue
p.value





###########三、韋恩圖
intersect <- intersect(cell.fil$Metabolite,shangqing.fil$Metabolite)
intersect

library(VennDiagram)

pdf(file="intersect.1.2.pdf",width = 10, height =8)

venn.plot <- venn.diagram(
  x = list(KPC.cells=cell.fil$Metabolite,KPC.supernatant=shangqing.fil$Metabolite),
  filename = NULL,
  
  # 圈
  lwd = 15,  # 圈線條粗細(xì) 1 2 3 4 5
  lty = 1,  # 線條類型, 1 實線, 2 虛線, blank 無線條
  fill = c("white", "white"),  # 填充色
  col = c("#de0f17", "#2529d8"),  # 線條色
  alpha = 0.75,

  
  # 數(shù)字 number
  cex = 4,  # 數(shù)字大小
  fontface = "bold",  # 加粗
  fontfamily = "sans",  # 字體
  label.col = "#00334e",
  
  
  # 標(biāo)簽 category
  cat.cex = 3,  # 字體大小
  cat.col = c("#de0f17", "#2529d8"),  # 字體色
  cat.fontface = "bold",  # 加粗
  cat.default.pos = "outer",  # 位置, outer 內(nèi) text 外
  cat.pos = c(0, 0),  # 位置，用圓的度數(shù)
  cat.dist = c(0.05, 0.05),  # 位置，離圓的距離
  cat.fontfamily = "sans"  # 字體
  #rotation = 1  # 1 2 3 旋轉(zhuǎn)確定大打頭數(shù)據(jù)集
);

grid.draw(venn.plot);
dev.off()


grid.newpage();


`````