碎碎念-拐個(gè)彎的GEO處理

  • 如果R下載網(wǎng)速不快,可以考慮wget -c下載壓縮包;
    1)現(xiàn)在windows10 應(yīng)用商城有ubuntu的可兼容版本,適用了下,很好用;
    2)git版本,git bash here也很好用;
    3)有3點(diǎn):a.我們下載的數(shù)據(jù)是從XXXseries_matrix.txt.gz提取的,而下載鏈接是有規(guī)律的;b.我們提取表達(dá)矩陣即非‘!’開頭的行;c.提取表型信息即!Sample開頭的行;
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE5nnn/GSE5364/matrix/GSE5364_series_matrix.txt.gz
zcat GSE5364_series_matrix.txt.gz |grep '!Sample' >pd.txt
zcat GSE5364_series_matrix.txt.gz |grep -v '!' >ex.txt
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