Ratcliffe2015

Ratcliffe, B., El-Dien, O.G., Kláp?tě, J., Porth, I., Chen, C., Jaquish, B., El-Kassaby, Y.A., 2015. A comparison of genomic selection models across time in interior spruce (Picea engelmannii × glauca) using unordered SNP imputation methods. Heredity 115, 547–555. https://doi.org/10.1038/hdy.2015.57

gs與常規(guī)基于系譜選擇在林木育種單個(gè)育種循環(huán)的時(shí)間需求上有極大的優(yōu)勢(shì),這一點(diǎn)對(duì)林木育種人員極具吸引力。分型群體為來自25個(gè)自由授粉家系的769個(gè)子代。性狀是從3-40連年的樹高數(shù)據(jù),用于檢驗(yàn)gs方法的時(shí)間動(dòng)態(tài)性。分型方法是gbs。評(píng)估了3個(gè)gs模型的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性,及標(biāo)記效應(yīng)值。預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性中等0.31-0.55,隨時(shí)間變化顯著,因?yàn)橹觊g競(jìng)爭(zhēng)。預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性與年-年遺傳相關(guān)系數(shù)有極強(qiáng)的正相關(guān);但隨著時(shí)間差的增加而顯著下降。在缺失值推斷上,k-最近鄰和奇異值分解的效果好于均值法。嶺回歸和bayescpi效果相當(dāng),預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性高于廣義嶺回歸異方差效應(yīng)模型。

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