1、安裝

HiC-Pro的安裝可參考github：這里

2、具體使用

其實(shí)HIiC-Pro的使用方法簡(jiǎn)單來(lái)講主要有三個(gè)參數(shù):

$ /usr/local/bin/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro -i path/data -c path/config-hicpro.txt -o path/outfile

-i 輸入的是fastq文件所在路徑，需要注意的是：文件路徑是指fastq文件所在位置的上兩層

如：下方圖片，-i時(shí)，路徑只需寫(xiě)到 PATH/data 即可！

-c 為HiC-Pro的config-hicpro.txt 文件所在路徑

-o 為輸出文件路徑

其中，三個(gè)參數(shù)較麻煩一點(diǎn)的是，-c 中config-hicpro.txt文件的修改，主要修改有以下幾點(diǎn)：

1、PAIR1_EXT，此處 '=' 后面所寫(xiě)的的內(nèi)容是 fastq 文件的名稱(chēng)

PAIR1_EXT = file1_R1 （此處和上方圖片相對(duì)應(yīng)）

PAIR2_EXT = file2_R2 （此處和上方圖片相對(duì)應(yīng)）

2、BOWTIE2_IDX_PATH 是bowtie2建立的參考基因組索引所在文件路徑

BOWTIE2_IDX_PATH = /PATH/Genome/mm10_index

3、REFERENCE_GENOME = mm10_index??? ，此處 '=' 后面內(nèi)容應(yīng)是索引文件名稱(chēng)，否則，在HiC-Pro運(yùn)行時(shí)可能會(huì)報(bào)錯(cuò)

REFERENCE_GENOME = mm10_index

4、GENOME_SIZE 為染色體大小文件路徑（此文件可在下載基因組文件時(shí)同時(shí)下載）

GENOME_SIZE = /PATH/Genome/mm10_chrom.sizes

5、GENOME_FRAGMENT 為酶切消化片段位點(diǎn)文件路徑：

GENOME_FRAGMENT = /PATH/Genome/hindiii_mm10.bed

具體生成方法：可以通過(guò)HiC-Pro文件中的'digest_genome.py'文件生成，此處用的是小鼠的mm10參考基因組，建庫(kù)的酶為hindiii，那么命令行如下：

$ /PATH/HiC-Pro/bin/utils/digest_genome.py -r hindiii -o PATH/mm10_hindiii mm10.fa

6、LIGATION_SITE = AAGCTAGCT 此處填寫(xiě)新的連接位點(diǎn)