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今天小編分享一篇今年8月25日發(fā)表在《EBioMedicine》的原著性文章，標(biāo)題是Comprehensive molecular analyses of a TNF family-based signature with regard to prognosis, immune features, and biomarkers for immunotherapy in lung adenocarcinoma，影響因子5.736分，文章分析很全面，符合邏輯。
https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2020.102959
文章的關(guān)鍵術(shù)語
Immune checkpoint：免疫檢查點(diǎn)
Tumor Necrosis Factor ：腫瘤壞死因子
lung adenocarcinoma (LUAD) ：肺腺癌
CIBERSORT：一種新穎的方法用于鑒定實(shí)體瘤中復(fù)雜組織的細(xì)胞成分。
腫瘤免疫缺陷和排斥分析法?(TIDE) ：一個算法框架，用來預(yù)測免疫檢查點(diǎn)封閉反應(yīng)。
研究主旨
本研究旨在探索LUAD中TNF家族成員的基因表達(dá)圖譜，并構(gòu)建了TNF家族預(yù)后特征。這篇研究的作者第一次對LUAD中TNF家族成員的基因表達(dá)情況和臨床意義作了系統(tǒng)性探索。作者還利用來自7個不同隊(duì)列的1300肺腺癌病例數(shù)據(jù)建立了基于TNF家族的預(yù)后模型。
腫瘤壞死因子TNF家族成員包括調(diào)節(jié)體內(nèi)抗腫瘤免疫反應(yīng)的關(guān)鍵通信系統(tǒng)，以及來自 B7-CD28 家族的免疫檢查點(diǎn)分子。通過調(diào)控TNFSF/TNFRSF家族之間的相互作用以作為一種新型癌癥療法具有很大的潛力。迄今為止，尚未有報(bào)道過關(guān)于TNF家族成員在肺腺癌中的表達(dá)情況的相關(guān)研究。
研究思路
下載公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)集，分別來自TCGA數(shù)據(jù)庫（RNA-Seq，測試集）和GEO數(shù)據(jù)集（GSE11969、GSE13213、GSE30219、GSE31210、GSE41271，驗(yàn)證集）。
收集臨床上手術(shù)切除的LUAD組織樣本，提取RNA，并做qRT-PCR分析。
TCGA數(shù)據(jù)庫中得到的數(shù)據(jù)采用DAVID 6.8做GO和KEGG分析。
采用CIBERSORT和LM22將TCGA數(shù)據(jù)庫得到的免疫細(xì)胞分型進(jìn)行計(jì)算，做免疫浸潤分析。
通過TCIA分析TCGA數(shù)據(jù)的突變率和PD-L1蛋白。
做腫瘤免疫功能缺陷和排斥分析。
用STATA軟件進(jìn)行預(yù)后蕓分析。
結(jié)果
首先作者從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲取臨床數(shù)據(jù)，從而探索出TNF家族基因表達(dá)譜。接著作者用單變量Cox比例風(fēng)險回歸分析方法鑒定TNF家族成員和肺腺癌病人的總生存率之間的關(guān)系，作者發(fā)現(xiàn)有17個基因明顯跟總生存率有關(guān)，其中TNFRSF1A, LTBR和TNFRSF6B為高風(fēng)險因子，其風(fēng)險比值大于1，其余14個基因（CD27、EDA2R等）的風(fēng)險比值小于1。
接著，把沒有預(yù)知意義的基因過濾掉，留下17個基因作進(jìn)一步分析，作者再通過篩選出5個基因（TNFRSF6B, TNFRSF13C, TNFRSF14,?TNFRSF1A, EDA2R）用COX 比例風(fēng)險模型分析以優(yōu)化這個模型。
然后，為了驗(yàn)證獨(dú)立隊(duì)列里的TNF家族的標(biāo)記的可現(xiàn)性，作者對5個獨(dú)立的GEO數(shù)據(jù)集的每個病人數(shù)據(jù)計(jì)算出風(fēng)險評分。Kaplan-Meier分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)較高風(fēng)險組別病人的死亡率較高。
與此同時，作者也通過風(fēng)險評分、生存率以及用Kaplan-Meier分析方法做總生存曲線，驗(yàn)證了TNF家族標(biāo)記分子的預(yù)后表現(xiàn)。
作者還做富集分析探索標(biāo)記相關(guān)的通路，KEGG分析發(fā)現(xiàn)了一些基因與原發(fā)性免疫不全和其他免疫相關(guān)通路呈高度相關(guān)性。
由于TNF家族特征和免疫相關(guān)通路之間的密切關(guān)系，作者還進(jìn)行更深入地探索風(fēng)險評分，因?yàn)轱L(fēng)險評分與肺腺癌患者的免疫細(xì)胞滲透和炎癥特征有關(guān)。
最后，通過分析風(fēng)險評分的相關(guān)性和一系列廣泛使用的生物標(biāo)志物，探討TNF家族標(biāo)志物與免疫治療反應(yīng)之間的關(guān)系。首先，在高危和低風(fēng)險群體中計(jì)算腫瘤突變負(fù)荷、新抗原數(shù)量、克隆新抗原數(shù)量和亞克隆新抗原數(shù)量。
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