寫在前面
物種進化與基因進化，兩者總是生物學研究的關注點之一。物種進化的基礎，應是基因層面的演化。而基因進化的基礎更多的來源于基因復制。常見的基因復制包括：
- 全基因組復制，WGD
- 大片段復制，Segmental Duplication
- 串聯復制，Tandem Duplication
- 轉座復制，Translocation Duplication
- ....
無論是開展大規(guī)模的數據分析，或者是常見的某個物種新基因，基因新功能，更或者性狀的可能獲得原因分析，如果可以從物種演化的角度來探討相應基因的來源，那么可以使研究有多方面的提升：
- 證據更為可靠
- 故事更為完整：只對當前數據分析，我們只能知道是什么？更或者為什么？但是有時候我們可能還想知道去哪里，更或者更常見的，從哪里來？
近期，課題組的師弟在做一些類似的分析。大體他做了這么一張圖
我大概知道這個圖可能來源于比較基因組大牛唐海寶老師的JCVI工具集。喊師弟調整這個圖的一些部分時，我順便問了一句，
后面我就沒怎么管這個事情了。不過過了20多小時之后，發(fā)現這個問題調整的解決速度可能是個問題。昨晚吃完晚飯，我掐指一算，一周沒寫代碼....要退化了。于是我原本是計劃用最多兩個小時的時間寫完的，沒想到從18點寫到22點....
不過我還是得到了一個新的工具，對于這個功能，我加入了自己的思考 [純粹的功能復制對我來說，似乎沒有什么吸引力，也沒必要]：
- 靈活地按照用戶的需求，可以是輸入一個區(qū)間【比如我主要做小RNA的，不會有編碼基因】，也可以是輸入區(qū)間的起始編碼基因和終止編碼基因
- 自動層級化解析可能的基因區(qū)塊，并可視化，這個一種樹狀圖展開，第一個物種是一個區(qū)間，第二個物種可能是N個區(qū)間，第三個物種則可能是M個區(qū)間（取決于第二個物種對上多少個第三個物種的區(qū)間啊）
- 可以不依賴于共線性分析，是的，如果區(qū)間依賴于共線性分析，那么必要受到使用算法的限制。很多時候，算法總是存在局限的。當然，共線性分析結果可以讓你在最短的時間定為到可能的結果。
- .... 可交互，對于我來說，不可交互的圖形更適合展示而不適合分析?？山换サ膱D形意味著可快速調整并直接分析。
- ....
基于這些考慮，得到了下面這個新的功能
Evolutionary Conserved Blocks Finder
具體的使用與輸入：
- 代表第一個物種某個區(qū)間的文本，如：Chr1#2142423#4345533，或 ATG01G1231#ATG01G2231
- 不同物種簡化后的基因信息文件，格式為：Chr1\tGeneID\tStartPos\tEndPos\t[+-]，即包括了基因所在位置和鏈的信息，注意，需要有意識地按照先后順序擺放物種的基因位置信息
- 基因對信息，格式為：GeneID\tGeneID
使用注意：不同物種的染色體ID和基因ID都不能出現重復【建議對所有ID加上物種名】。
具體的使用方法如上圖，可以看到，不僅僅是一個可視化工具，還是一個可視化實時分析工具：
- 自動尋路
- 隨意調整基因區(qū)塊
- 基因區(qū)塊反向
- 鼠標懸停展示基因ID
- 其實可以直接右鍵刪除一些不感興趣的Panel
6....
寫在后面
Emmm.... 正在考慮整理TBtools，然后盡快發(fā)表好了...不然似乎就要浪費300個Citations了？歡迎各位在評論區(qū)留下可能可以用于文章撰寫的方向，比如...TBtools到底有啥亮點？值得去發(fā)表。
