一、scRNAseq和Mass cytometry揭示小鼠動脈粥樣硬化免疫圖譜

18年的一篇Circulation research

1. Single-Cell Transcriptomes Identify 11 Distinct Leukocyte Populations in the Atherosclerotic Aorta

作者對雌性Apoe^-/-小鼠（chow diet和高脂diet 12w）的胸主動脈和腹主動脈進(jìn)行了單細(xì)胞測序，注釋得到11個細(xì)胞群。

2. Spatial and Numeric Differences in the Aortic Immune Cell Repertoire in Atherosclerosis

Fig 2a, b：和chow diet小鼠相比，高脂diet 12w小鼠出現(xiàn)了明顯的CD4/CD8T細(xì)胞、B細(xì)胞(1)、Th17、MP的比例增加，而記憶T、B細(xì)胞(2)、Th2、單核、Ly6c單核則出現(xiàn)下降。
Fig 2c：為了探究主動脈不同部位的細(xì)胞組成差異，作者使用主動脈不同部位的bulk RNAseq數(shù)據(jù)做了解卷積（female Apoe?/? mice on WD, GSE21419）。
Fig 2d：作者比較了Apoe^-/-小鼠和Ldlr^?/?鼠的細(xì)胞比例差異。

3. Cell-Type–Specific Genetic Pathways in Aortic Leukocytes

隨后作者對每個細(xì)胞類型進(jìn)行了功能富集分析，三群巨噬都顯示出膽固醇代謝基因的高表達(dá)。

4. Mass Cytometry (CyTOF) Confirms the Phenotypic Heterogeneity of Aortic Leukocytes

作者還使用了質(zhì)譜流式鑒定了細(xì)胞分群

質(zhì)譜流式的分群結(jié)果和單細(xì)胞具有很好的相關(guān)性

5. Transcriptional, Phenotypic, and Functional Profiles Identify 3 Principal Aortic B-Cell Subpopulations

隨后作者對三群B細(xì)胞進(jìn)行了進(jìn)一步分群和探究

6. Frequency of Aortic Leukocyte Populations Predicts Clinical Events in Patients With Atherosclerosis

Fig 7a, b：作者也使用質(zhì)譜流式對人的主動脈斑塊進(jìn)行了檢測，鑒定出19個cluster。
Fig 7c：作者使用Biobank of Karolinska Endarterectomies的126 carotid plaques數(shù)據(jù)進(jìn)行解卷積，得到了其白細(xì)胞占比的relative abundance。結(jié)果提示白細(xì)胞中51.1%±0.9% 是macrophages, 19.3%±0.6% 是T細(xì)胞, 13.9%±0.4% 是單核細(xì)胞。
Fig 7d：因?yàn)閏圖只是患者carotid plaques的數(shù)據(jù)，沒有正常對照，所以作者將患者carotid plaques中白細(xì)胞的比例和外周PBMC中細(xì)胞比例進(jìn)行了比較。和外周血相比，斑塊組織中，除了CD4/8T和NK細(xì)胞，其他細(xì)胞比例都出現(xiàn)了上升。
Fig 7e：最后作者在同樣的隊(duì)列中計(jì)算了各細(xì)胞群占比和ischemic events post-endarterectomy的rate，發(fā)現(xiàn)memory T-cell–containing cluster negatively predicted cardiovascular events, while the frequency of macrophages only showed a weak (positive) tendency (not shown).

二、單細(xì)胞測序揭示動脈粥樣硬化小鼠主動脈巨噬細(xì)胞圖譜和異質(zhì)性

18年的Circulation Research

1. Single-Cell RNA Sequencing–Based Identification of Atherosclerosis-Associated Immune Cell Populations

作者解離了Ldlr-/-小鼠（Chow diet和高脂飲食兩組）的主動脈，分選了CD45+細(xì)胞，進(jìn)行了單細(xì)胞測序。兩組分別得到372 和 854 個細(xì)胞，注釋得到13個細(xì)胞群。其中有5個細(xì)胞群幾乎只出現(xiàn)在atherosclerotic aortas，因此被認(rèn)為是動脈粥樣硬化相關(guān)免疫細(xì)胞群。包括：CD8⁺ T細(xì)胞 (cluster 1: Cd8a, Cd8b1, Nkg7)、MoDCs/DCs (cluster 2: Cd209a, Cd74, Flt3, and H2-Eb1)、單核細(xì)胞 (cluster 6: Ly6c2, Ccr2, Csf1r, 和低水平的 low Adgre1)和兩群動脈粥樣硬化相關(guān)巨噬細(xì)胞cluster 4和cluster 11(Adgre1, Cd14, Fcgr1, Csf1r, 和低水平 Ly6c2)。其中cluster 4高表達(dá)一些促炎因子如Cxcl2, Ccl3, Ccl4, Tlr2 和 Nlrp3；cluster 11高表達(dá)Trem2。

2. Gene Expression Heterogeneity in Macrophage Populations in the Atherosclerotic Aorta

在主動脈免疫細(xì)胞中，MP占了最大的比例。其中 Inflammatory 巨噬占 47.0%, Res-like 占34.4%, TREM2^hi macrophages 占 18.6%。三群巨噬具有明顯的轉(zhuǎn)錄差異。TREM2^hi巨噬高表達(dá)Cd9, Spp1 (encoding osteopontin), Hvcn1, 和 several cathepsins (Ctsd, Ctsb, 和 Ctsz)。

三群MP細(xì)胞的功能富集結(jié)果提示它們存在共有的功能比如髓系白細(xì)胞的活化等。但TREM2^hi巨噬也存在特有的功能比如organic substance and cellular catabolic processes, lipid metabolic processes, regulation of cholesterol efflux, and oxidative stress (respiratory burst, response to oxidative stress)。

3. Transcriptional Profile of Aortic MoDC/DC

作者對單核來源的DC (MoDC/DC) 也進(jìn)行了進(jìn)一步分析，發(fā)現(xiàn)其功能主要與抗原呈遞有關(guān)。

4. Res-Like Macrophages, Inflammatory Macrophages, TREM2^hi Macrophages, and MoDC/ DC Populate Aortas in Advanced Atherosclerosis

為了探究前面描述的三群巨噬細(xì)胞在more advanced stage of atherosclerosis中的作用，作者對20weeks高脂喂養(yǎng)的Ldlr^-/-鼠的主動脈進(jìn)行了單細(xì)胞測序。發(fā)現(xiàn)所有免疫細(xì)胞中，巨噬仍然占了最高的比例(49.6%)。其中Trem2⁺巨噬占了13.4%。功能富集的結(jié)果和11w的類似。

5. Res-Like Macrophages, Inflammatory Macrophages, TREM2^hi Macrophages, and MoDC/ DC in the Aorta of Apoe^?/? Mice

隨后作者對高脂喂養(yǎng)12周的Apoe^-/-小鼠主動脈巨噬細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞測序，同樣得到了這三群巨噬細(xì)胞。

6. Detection of Inflammatory Macrophages, Res-Like Macrophages, and TREM2^hi Macrophages Enriched Genes in Murine and Human Atherosclerotic Lesions

最后作者在動脈粥樣硬化人和小鼠的主動脈組織中進(jìn)行了免疫組化和免疫熒光驗(yàn)證。