? ? ? ? 生信起步第五站--R，果然，這個大哥有點復雜??

? ? ? ? 今天主要了解的是R的數(shù)據(jù)結構，一般呢包括以下幾個，但花花說向量和數(shù)據(jù)框是最重要的！

• 向量
• 矩陣
• 數(shù)組
• 數(shù)據(jù)框
• 因子
• 列表

向量

向量是由多個元素組成的變量。（有序排列）^{元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）等}
標量是由一個元素組成的變量。

1 賦值

x<-c(1,2,3) #常用的向量定義寫法，意為將x定義為由元素1，2，3組成的向量。
x<-(1:10) #從1-10之間所有的整數(shù)
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之間每隔0.5取一個數(shù)（注意這里是逗號不是分號）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重復2次

賦值

注：多次給一個變量（如：x）賦值，只會保存最后一個

變量值

2 從向量中提取元素

• 根據(jù)元素位置
  x[4]_{x第4個元素}
  x[-4]_{排除法，除了第4個元素之外剩余的元素}
  x[2:4]_{第2到4個元素}
  x[-(2:4)]_除了……
  x[c(1,5)]_{第1個和第5個元素}
  
  根據(jù)元素位置提取元素

• 根據(jù)值得大小
  x[x==10]_{等于10的元素}
  x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]_{存在于向量c（1，2，5）中的元素}
  
  根據(jù)值得大小提取元素

注：前兩行會顯示（0），是因為在前面賦值的變量包括[1,2,3,1,2,3]，沒有等于10的元素，第二行代碼同理，故換一下數(shù)值即可理解的更清晰。

數(shù)據(jù)框

1讀取本地數(shù)據(jù)

此項，尷尬的有兩點：
1.示例數(shù)據(jù)花花已給，直接下載即可；（請記得治療腦殘問題??）
2.代碼報錯是因少打()，輸入或tab鍵補全即可。（請再次記得治療腦殘問題??）

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)

讀取數(shù)據(jù)

X<-read.csv("huahua.txt")
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)_{把這個數(shù)據(jù)框賦給一個變量}

賦值查看

Data欄

2設置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt')_{在示例數(shù)據(jù)里有doudou.txt注意這里的變量X是一個數(shù)據(jù)框}
colnames(X)_查看列名
rownames(X)_{查看行名,默認值的行名就是行號，1.2.3.4...}
colnames(X)[1]<-"bioplanet"_{有的公司返回數(shù)據(jù)，左上角第一格為空，R會自動補為x,用這個命令來修改}
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)_{最后row.names的意思是修改第一列為行名}

設置行名列名

3數(shù)據(jù)框導出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)_{分隔符改為逗號,字符串由默認的帶雙引號改為不加雙引號}

導出前

導出后

4變量的保存與重新加載

save.image(file="bioinfoplanet.RData")_{保存當前所有變量}
save(frame1,file="frame1.RData")_{保存其中一個變量}
load("frame1.RData")_{再次使用RData時的加載命令}

5提取元素

• X[x,y]_{#第x行第y列}
• X[x,]_#第x行
• X[,y]_{#第y列（橫著寫，這是不夠懶也不夠優(yōu)秀卻能存在的寫法）}
• X[y] _{#第y列（豎著寫，這是懶惰又優(yōu)秀的寫法）}
• X[a:b]_{#第a列到第b列}
• X[c(a,b)]_{#第a列和第b列}
• X$列名_{#也可以提取列（優(yōu)秀寫法，而且這個命令還優(yōu)秀到不用寫括號的地步，并且支持Tab自動補全哦，不過只能提取一列）}
  練習：將之前到處的yu.txt補兩列信息，作為提取來源，操作結果如下：
  
  
  
  提取元素

6直接使用數(shù)據(jù)框中的變量

目的：提取某兩列作散點圖_{（case、values是兩個列名）}
花花說下面這在個是“勤勤懇懇”的人的做法

c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
> plot(c$case,c$values)

提取某兩列作散點圖

然而，這才是王道！

1.attach用法

attach(c)_{將數(shù)據(jù)框名添加到搜索環(huán)境中：attach（c）}
plot(case,values)_{作圖時就只需輸入列名(連$都不用了)}
detach(c)_{做完后將a刪除出搜索環(huán)境detach（c）}
局限性：兩個以上數(shù)據(jù)框的列名有沖突時，同時attach會報錯。

2.with

with()函數(shù)：適用于當同名變量出現(xiàn)多次，避免程序定位錯誤的情況
在腳本窗口輸入以下東東，然后run，出來的散點圖都還是上面一樣啦~~~

+ plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并賦值給x,<<的意思是作為全局變量，y也就是出了with循環(huán)仍有效。
})
x #運行完后打印x

with

Xmind

Xmind

? ? ? ?今天東西還蠻多的，代碼操作還好（除了瞎的毛?。?，但函數(shù)理解是個問題，需要用腦子啊??