Pfam 報錯解決方法

Pfam作為常用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域篩選的軟件之一，這里記錄使用遇到的問題

一. 安裝要點

1. 安裝 PfamScan

① 解壓即可，并將pfam_scan.pl 第一行設(shè)置為 環(huán)境 perl
vim pfam_scan.pl
將 #!/usr/bin/perl 改為—> #!/usr/bin/env perl

② 將 Pfam 模塊加入到 PerlLib, 修改bash_profile
vim ~/.bash_profile
export PERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB

修改后執(zhí)行
source ~/.bash_profile
筆者的如下：

image.png

2. 安裝 hmmer3

下載 hmmer3 下載地址自行百度，解壓閱讀README.md并安裝
如果安裝不了，下載二進制版本百度自行搜索 hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64解壓即可
導(dǎo)入環(huán)境變量
export PATH=~/tools/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/:$PATH

3. 下載Pfam庫

下載 Pfam-A.hmm 并解壓，并執(zhí)行 hmmpress Pfam-A.hmm
同時下載 Pfam-A.hmm.dat 文件，將其與 Pfam-A.hmm 放在同一目錄下，
然后調(diào)用 pfam_scan.pl，可以成功：

image.png

注意：

① 一般文件Pfam-A.hmm和Pfam-A.hmm.dat不在同一目錄下，或者某文件丟失會出現(xiàn)如下報錯：

image.png

② Pfam-A.hmm 數(shù)據(jù)庫可以使用軟連接

image.png