寫在前面
今天的推文，屬于廣告文
開篇圖，即今天推文的主題（之一）。
看得懂的，自然明白；不明白我想表達(dá)的說(shuō)法的，可以看下文。
用戶群體“深惡痛絕”的軟件
近來(lái)，常常會(huì)聽到，TBtools的更新速度超過(guò)學(xué)習(xí)速度。我需要聲明的是，這并不是我的問(wèn)題，我只是覺得有更新就推上去，是否更新我無(wú)法強(qiáng)迫任何人，只是舊版本的問(wèn)題，我不會(huì)給予任何支持；也不是用戶的問(wèn)題，因?yàn)椴⒉皇敲總€(gè)人都需要使用最新版或者使用最新的特性（即使最新的特性必然是我覺得最好的東西）。
如果一定要怪，就怪這無(wú)情的社會(huì)，讓我們不可能做一模一樣的課題和有一模一樣的進(jìn)度。
TBtools本身是我趕課題的生產(chǎn)工具。只要有需要，我隨時(shí)就會(huì)修改或完善。更多時(shí)候，我會(huì)增加新的功能（之所以如此，我是希望以后我再需要這些功能的時(shí)候，我就直接開了TBtools就用，不需要再寫腳本。當(dāng)然最好是拖拖拖就搞定了）。
每個(gè)人有自己的課題，所以不可能有一個(gè)人跟我做的東西一模一樣。大家都在往前走，你在進(jìn)步，我也在進(jìn)步（而TBtools的方向跟我的方向一樣），所以無(wú)解。
頻繁的更新不讓人反感
而事實(shí)上，用戶之所以說(shuō)TBtools更新太快，并不是不喜歡新的特性。而是如果想要用新的特性，那么就必須更新軟件。最快的方式是，下載TBtools.jar文件（目前已經(jīng)龐大到有4Mb，我木有時(shí)間去清理一些廢棄的類）。在有限的網(wǎng)速和流量下，確實(shí)痛苦；尤其是一天之內(nèi)更新好幾次。
所以，在中午趕一個(gè)課題的時(shí)候，我想起了一些朋友不斷的提醒我的事情，要有自動(dòng)更新機(jī)制。
很多人都說(shuō)，用R語(yǔ)言做生物信息數(shù)據(jù)，幾乎是無(wú)所不能。正如R包，可以說(shuō)無(wú)所不包。然而，只有少數(shù)人是真的是在用R語(yǔ)言做生物信息，更多人是事實(shí)上的調(diào)包俠（無(wú)貶義）。調(diào)包俠，總是最機(jī)智的，因?yàn)槟繕?biāo)明確，關(guān)注的只有生物學(xué)問(wèn)題，而不是掌握這一門語(yǔ)言。換句話說(shuō)，對(duì)于這一個(gè)大群體而言，事實(shí)上只是把R當(dāng)成一個(gè)無(wú)所不包的軟件包，而這個(gè)軟件包，無(wú)時(shí)不刻地增加新的R語(yǔ)言包（極其優(yōu)秀的如大濕兄的ggtree，而存在原則性問(wèn)題的也有不少，詳細(xì)見大濕兄的biobable公眾號(hào)推文）。那么，R包用戶并沒有反感新的R包增加，也沒反感R包的更新。
究其原因，就是一個(gè)install.packages(...)幾乎是要包治百病。該安裝的給你安裝，該更新的給你更新。所以還擔(dān)心什么？用R啊，除了不能幫你生孩子之外，還有什么不能的？
撿起一年前放下的
有些知識(shí)，可能需要經(jīng)驗(yàn)的積累和時(shí)間的沉淀，才能有領(lǐng)悟。
靜態(tài)語(yǔ)言要得到動(dòng)態(tài)拓展，需要的是反射。這本身是一件看起來(lái)確實(shí)是相對(duì)復(fù)雜的事情。
我最討厭的是什么，就是調(diào)用外部軟件（除非確實(shí)沒辦法...比如BLAST，除了調(diào)用他，我還能怎么辦？）
而我自己寫的東西，不應(yīng)該讓TBtools從外部調(diào)用（主要是看起來(lái)也不優(yōu)雅....）。
于是我從來(lái)沒有忘記過(guò)很久以前的想法，亦即
曾經(jīng)嘗試了一段時(shí)間的插件式開發(fā)。TBtools一直是一個(gè)jar文件，這就相當(dāng)于一個(gè)程序要在運(yùn)行時(shí)刪除自己，在某些系統(tǒng)（尤其是在windows下面，是一件比較困難的事情）。無(wú)法刪除自己就無(wú)法自動(dòng)更新（除了借助外部程序，這需要用戶另外打開別的程序， 不優(yōu)雅）。
而插件式開發(fā)理想情況下，用戶只需要點(diǎn)擊一個(gè)Button或者說(shuō)一旦打開TBtools，就自動(dòng)從指定的地址下載最新的插件并load in。那么用戶可能對(duì)更新了的程序，毫無(wú)感知。
總之呢，我試了一下。發(fā)現(xiàn)似乎可行。
那就期待吧。
