什么是BSA-seq
- BSA（Bulked Sergeant Analysis），即分離體分組混合分析法，也稱為集群分離分析法或混合分組分析法，是從近等基因系分析法演變而來的。近等基因系（NIL）指一組遺傳背景相同或相近，只在個(gè)別染色體區(qū)段上存在差異的株系。BSA法克服了許多作物沒有或難以創(chuàng)建NIL的限制，其原理是從一個(gè)分離群體中選擇目標(biāo)性狀表型極端的10～20個(gè)單株，混合構(gòu)建2個(gè)DNA“池”，這兩個(gè)池應(yīng)在感興趣的性狀方面存在差異，除了感興趣基因所在的位點(diǎn)外，所有的位點(diǎn)均隨機(jī)化。換句話說，兩個(gè)DNA池間的差異相當(dāng)于兩近等基因系基因組之間的差異，僅在目標(biāo)區(qū)域不同，而整個(gè)遺傳背景是相同的。對(duì)兩個(gè)池篩選標(biāo)記，多態(tài)性標(biāo)記可能表示與感興趣的某個(gè)基因或QTL連鎖。在檢測(cè)兩個(gè)DNA池之間的多態(tài)性時(shí)，通常應(yīng)以雙親的DNA作對(duì)照，以利于對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的正確分析和判斷。
- BSA-seq相比于傳統(tǒng)的凝膠電泳技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了標(biāo)記開發(fā)與基因分型的整合，同時(shí)能夠低成本且快速的完成基因的初定位工作。
- 根據(jù)研究表型或群體類型的不同，BSA-seq可分為：MutMap、QTL-seq。
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根據(jù)技術(shù)的不同，BSA-seq可分為基于重測(cè)序的BSA；基于轉(zhuǎn)錄組的BSA（BSR）；基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序的BSA（GBS-BSA）
BSA-seq原理
BSA-seq方案設(shè)計(jì)
1. 群體選擇
- 常見的分離群體包括F2代群體、回交群體（BC）、重組自交系（RIL）、雙單倍體（DH）等均可以被用來進(jìn)行BSA性狀定位。
- 目前文獻(xiàn)報(bào)道的多為F2分離群體（因?yàn)闃?gòu)建速度快）。
2. 性狀選擇
- 常規(guī)BSA-seq主要適用于質(zhì)量性狀單基因或數(shù)量性狀主效基因的定位；
- 數(shù)量性狀選擇極端個(gè)體時(shí)，不要超過表型范圍的15%；
- 如果表型鑒定可能存在假陽性，盡量控制在10%以內(nèi)；如果無法控制，可選擇構(gòu)建單個(gè)混池測(cè)序。
3. 混池大小選擇
- 單個(gè)混池的數(shù)量最少10個(gè)，否則，定位結(jié)果的假陽性會(huì)較高；
- 在保障表型準(zhǔn)確性的前提下，混池越大，定位區(qū)間越??；
- 混池越大，需要的測(cè)序深度越高；
- 定位區(qū)間還會(huì)受到群體類型、基因組大小、候選基因所在區(qū)間的影響。
4. 測(cè)序方法的選擇
- 小基因組物種，建議使用重測(cè)序，成本類似的情況下，獲得更多變異類型。
- 無參考基因組的物種，建議使用簡(jiǎn)化基因組或轉(zhuǎn)錄組。
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大基因組且有參考基因組，建議使用轉(zhuǎn)錄組。
測(cè)序方法選擇
5. 親本測(cè)序選擇
是否需要進(jìn)行親本測(cè)序？
- 使用參考基因組品系來源突變體研究時(shí)，可不測(cè)序親本；其他情況建議進(jìn)行親本測(cè)序。
目的：
- 過濾親本雜合SNP位點(diǎn)，提高定位結(jié)果的準(zhǔn)確性；
- 利用親本來源的SNP位點(diǎn)，可以避免假陽性結(jié)果。
