由于生物信息早期最多用的語言是perl，因此不可避免就要用別人的perl腳本或者基于perl的項目來處理數(shù)據(jù)。
使用perl腳本和使用其他編程語言的腳本沒啥不同，畢竟你只要傳入?yún)?shù)，它就能給你結(jié)果。因此對于我們這些不用perl寫腳本，只需要調(diào)用的人而言，唯一要學(xué)會的事情就是**如何安裝perl的模塊”。
關(guān)于perl模塊安裝，最古老的方法就是使用perl -MCPAN -e shell或者是cpan（兩者等價），這也是我最先接觸的方法，這里介紹如何使用local::lib和cpanm實現(xiàn)非root權(quán)限安裝perl模塊。
使用系統(tǒng)自帶的perl
安裝任何軟件最怕遇到的問題就是權(quán)限問題，因此我們需要先安裝local::lib，使得我們能夠?qū)erl模塊安裝到任何地方，簡單的說就是安裝到我們的家目錄下
第一步，下載源代碼進行編譯安裝
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000024.tar.gz
tar xf local-lib-2.000024.tar.gz
cd local-lib-2.000024
perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
make test && make install
第二步：設(shè)置環(huán)境變量，使得perl在安裝模塊的時候會優(yōu)先使用我們指定的路徑
echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc
先用perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt表示運行前先添加$HOME/opt/lib/perl5到自己的搜索路徑@INC中，然后傳入?yún)?shù)$HOME/opt執(zhí)行模塊local::lob，這個模塊的執(zhí)行結(jié)果會輸出如下內(nèi)容
Attempting to create directory /home6/wangjw/opt
PATH="/home/zgxu/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;
PERL5LIB="/home/zgxu/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/zgxu/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/zgxu/opt\""; export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/zgxu/opt"; export PERL_MM_OPT;
這些就作為eval的參數(shù)進行執(zhí)行，也就是說你重啟終端后后，PERL5LIB PERL_LOCAL_LIB_ROOT,PERL_MB_OPT,PERL_MM_OPT這幾個變量就會重新設(shè)置，以此保證你后續(xù)安裝perl模塊時，會優(yōu)先安裝到自己的選擇的目錄
第三步：安裝cpam. 由于之前已經(jīng)配置了local::lib，因此perl編譯的工具都會默認安裝到~/opt目錄下
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7043.tar.gz
tar xf App-cpanminus-1.7043.tar.gz
cd App-cpanminus-1.7043
perl Makefile.PL
make test && make install
第四步：使用國內(nèi)鏡像提高下載速度，可以通過別名的方式實現(xiàn)
echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc
之后便可以使用cpanm Module::Name安裝任意的軟件了。
自己編譯一個perl
自己編譯Perl的好處就在于之后的perl模塊都會安裝到自己的Perl目錄下，而不會對系統(tǒng)造成影響。
cd ~/src
wget -4 http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.1.tar.gz
tar xf perl-5.26.1.tar.gz
cd perl-5.26.1
./Configure -des -Dprefix=$HOME/opt/sysoft/perl-5.26.1
make test
make install
然后用perl -e '{print "$_\n" foreach @INC}'會發(fā)現(xiàn)perl只會在自己的目錄~/opt/sysoft/perl-5.26.1下查找模塊。那么使用cpanm Module::Name安裝的任何包都只會安裝到~/opt/sysoft/perl-5.26.1下，你也不需要安裝local::lib了
conda的perl和系統(tǒng)的perl沖突
有一次我遇到這個問題
perl: symbol lookup error: /home/wangjw/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/Cwd/Cwd.so: undefined symbol
這個問題是因為用系統(tǒng)perl安裝的軟件被conda的perl優(yōu)先查找到導(dǎo)致，用perl -V和perl -e '{print "$_\n" foreach @INC}'可以發(fā)現(xiàn)conda的perl查找路徑低于我為系統(tǒng)perl安裝的路徑，解決方案如下
export PERL5LIB=""
