conda是一個(gè)開源包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系，并在它們之間輕松切換。 它適用于Linux，OS X和Windows，是為Python程序創(chuàng)建的，但可以打包和分發(fā)任何軟件。Anaconda是一個(gè)開源的Python發(fā)行版本，包含了conda、python等180多個(gè)科學(xué)包及其依賴項(xiàng)。如果為了省時(shí)間，也可以使用Miniconda這個(gè)較小的發(fā)行版。anaconda、miniconda、conda三者皆屬于linux的軟件管理器，日常生信使用miniconda已足夠。
conda官網(wǎng)：https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/

一、安裝

1、下載可執(zhí)行文件

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、安裝

sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
>>> yes
>>> /export/home/hushy/miniconda2  ##指定安裝路徑

3、測(cè)試

conda info -e
# conda environments:
#
base     *  /export/home/hushy/miniconda2    #安裝后系統(tǒng)進(jìn)入miniconda虛擬環(huán)境base

二、管理conda 環(huán)境

由于不同的項(xiàng)目所需的軟件版本可能不同(如python2/python3)，要同時(shí)進(jìn)行不同項(xiàng)目就需要設(shè)置不同的conda 環(huán)境。

1、查看conda存在哪些環(huán)境(*代表此環(huán)境為默認(rèn)環(huán)境)

conda info --envs

2、添加新環(huán)境

conda create -n ANA  #創(chuàng)建新環(huán)境ANA
conda create -n env python=3 fastqc trimmomatic -y   #創(chuàng)建新環(huán)境env，并指定python版本為3,同時(shí)安裝fastqc和trimmomatic兩個(gè)軟件

3、激活新conda環(huán)境

conda activate ANA

4、退出虛擬環(huán)境

conda deactivate

三、安裝軟件

1、查看當(dāng)前所有軟件列表

conda list

2、搜索軟件 (以fastqc為例)

conda search fastqc
conda search skewer

3、安裝

conda install fastqc -y                    #自動(dòng)安裝fastqc 
conda install -c bioconda skewer           #安裝skewer
conda install -c bioconda skewer=v0.2.2    #安裝特定版本
conda install -c bioconda bwa
conda install -c bioconda/label/cf201901 skewer

4、卸載某虛擬環(huán)境中某軟件

conda remove -n ANA skewer -y