一、isTCGA是個什么參數(shù)，到底什么時(shí)候加？
首先，對讀取gz格式還是txt格式?jīng)]有啥特別要求
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二、但是讀取后，樣本名稱有顯著改變，即sampl barcode有差異
isTCGA = T
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isTCGA = F及為默認(rèn)值
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嘻嘻，在這里可能暫時(shí)看不出來有啥用，但你挑選標(biāo)本就好用多了
這里報(bào)錯的原因就是，maf和你提供的樣本名不一致導(dǎo)致的
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三、這里提供一個篩選的標(biāo)準(zhǔn)流程
#---臨床信息獲取，并提取行名1——12位-----------------
clindata$sample <- sub_str(rownames(clindata),1,12)
table(clindata$group)
#---拿到想要的樣本名字-----------------------
ID1 <-clindata$sample[clindata$group=="high"]
ID2 <- clindata$sample[clindata$group=="low"]
ID <- clindata$sample
#-------提取特定樣本的突變信息-----------------
maf1 <- read.maf('All_maf.txt',isTCGA = T)%>%subsetMaf(tsb = ID1)
maf2 <- read.maf('All_maf.txt')%>%subsetMaf(tsb = ID2)
