葉文潔對(duì)于三體文明與地球文明接觸后果的進(jìn)一步認(rèn)識(shí)，讓她開始思考宇宙生命之間的關(guān)系和規(guī)律。一次她給女兒楊冬掃墓時(shí)，碰到了羅輯——他女兒的高中同學(xué)，一個(gè)聰明又悠哉的學(xué)者。她在與羅輯交談中，把她對(duì)宇宙生命的研究——宇宙社會(huì)學(xué)告訴給了對(duì)方。而三體文明在和伊文斯的交流中對(duì)人類的認(rèn)識(shí)加深時(shí)，也對(duì)自己的思想透明和人類的計(jì)謀之間的鴻溝產(chǎn)生恐懼.。之后，在政府對(duì)于地球三體組織完成圍剿之后，各國(guó)也紛紛開始研制航空作戰(zhàn)武器和軍艦。然而三體文明的強(qiáng)大讓包括軍人在內(nèi)的大量民眾都生不起抵抗之心，逃跑主義情緒彌漫于世界；而三體文明處于對(duì)人類的陰謀和算計(jì)的畏懼，更堅(jiān)定了占領(lǐng)地球并毀滅人類的企劃... ...

故事回到主人公身上：羅輯在一次車禍中大難不死，被史強(qiáng)帶往聯(lián)合國(guó)參加了第十九次的行星防御理事會(huì)會(huì)議。會(huì)議上宣布了面壁者計(jì)劃——由于三體發(fā)射的質(zhì)子計(jì)算機(jī)的監(jiān)視，地球上的一切行為都被三體掌握；為了破局，地球人充分利用了三體人思維透明的特點(diǎn)且三體派出的質(zhì)子計(jì)算機(jī)不能探知人心中所想的特點(diǎn)，在給予某些人超高的世界資源使用權(quán)的同時(shí)，讓他們獨(dú)立制訂對(duì)抗三體的計(jì)劃。而羅輯被選中成為了四位面壁者之一。其余三位是泰勒——美國(guó)國(guó)防部的前任部長(zhǎng)，擁有卓越的戰(zhàn)略思想；雷迪亞茲——帶領(lǐng)委內(nèi)瑞拉崛起的現(xiàn)任總統(tǒng)；希恩斯——由于對(duì)于人腦研究的突出性研究獲得物理、生物兩項(xiàng)諾獎(jiǎng)的杰出科學(xué)家。會(huì)議結(jié)束后，當(dāng)羅輯離開會(huì)場(chǎng)時(shí)，出現(xiàn)了對(duì)他的又一次刺殺——原來地球三體組織并沒有被徹底消滅。三體殘部又和被他們視作“主”的三體世界重新取得聯(lián)系，并針對(duì)地球組織的面壁者計(jì)劃制訂了對(duì)應(yīng)的手段——破壁計(jì)劃。他們?yōu)樗奈幻姹谡叻謩e安排了四位破壁者。破壁者是研究出面壁者的心中所想，掌握他們的真實(shí)計(jì)劃，從而讓面壁計(jì)劃破產(chǎn)。

在之后的日子里，軍方仍然做出了一些努力：發(fā)掘已有科研儲(chǔ)備的潛力，不斷地對(duì)太空武器實(shí)現(xiàn)更新?lián)Q代；建立政治部，讓章北海，一位繼承了父親的忠誠(chéng)和無畏并對(duì)戰(zhàn)爭(zhēng)的勝利有無限信心的將軍去遏制軍隊(duì)中不斷滋蔓的失敗主義情緒；研制更先進(jìn)的望遠(yuǎn)鏡，以圖更好的檢測(cè)太空。同時(shí)，面壁者們都在進(jìn)行著自己的行動(dòng)。泰勒嘗試建立一支航空力量，利用宏原子巨變的能量作為武器來戰(zhàn)勝三體軍隊(duì)；雷迪亞茲想要通過研制2億噸級(jí)當(dāng)量以上的核彈來作為武器，作為抵御三體進(jìn)攻的手段；希恩斯則是試圖利用科技手段加速人腦的進(jìn)化，使人類的智力突破智子的禁錮。在四位面壁者中，只有羅輯，做著和保衛(wèi)地球毫無關(guān)系的事情——他用面壁者的權(quán)利，為他尋找他的夢(mèng)中家園和假想情人。當(dāng)他與和他假想情人完全相同的一個(gè)真實(shí)人類——莊顏相知相愛后，他更是把面壁者的使命拋之腦后，他用他的全部去呵護(hù)珍惜著眼前人。他在完成他自己的計(jì)劃。此時(shí)，哈勃望遠(yuǎn)鏡也發(fā)現(xiàn)了三體艦隊(duì)航進(jìn)的軌跡——三體艦隊(duì)劃過一片星際塵埃所造成的尾跡讓人類完全證實(shí)了三體世界對(duì)地球的進(jìn)攻行動(dòng)。

面壁者與破壁者之間的較量還在持續(xù)著。而泰勒成為了第一個(gè)被看穿的面壁者。原來，他試圖建立的是一支“必死隊(duì)”——在地球上選擇那些有奉獻(xiàn)精神的人組成一支軍隊(duì)，先自我犧牲后成為靈魂的量子化狀態(tài)，在使用宏原子武器，在無盡的歲月中與三體世界抗?fàn)?。但在?dāng)他發(fā)現(xiàn)所謂的奉獻(xiàn)精神早已為人類道德所拋棄時(shí)，他有一個(gè)更可怕的想法：他要宏原子武器摧毀整個(gè)太空艦隊(duì)，哪怕艦隊(duì)中有一小部分人有這種精神，他也能實(shí)現(xiàn)他的目標(biāo)。然而，當(dāng)這一切被解開后，他被人類世界所不容。萬念俱灰之時(shí)，他選擇結(jié)束自己的生命實(shí)現(xiàn)解脫。

泰勒的死亡對(duì)于羅輯的沖擊無疑是巨大的，但隨后發(fā)生的一件事更讓他無法接受——莊顏原來是聯(lián)合國(guó)的美人計(jì)，而且已經(jīng)冬眠直到末日才會(huì)被蘇醒——這一場(chǎng)愛只是一場(chǎng)用來振奮他斗志的計(jì)謀，即使莊顏對(duì)他的愛是真的。他又得知之所以選擇他作為面壁者， 竟是因?yàn)槿w怕他。終于，他下定決心努力做一個(gè)真正的面壁者——因?yàn)樗麗鬯?/u>他認(rèn)真思索著葉文潔曾告訴她的宇宙社會(huì)學(xué)——這是他能想到的三體人會(huì)畏懼他的唯一原因?！暗谝唬媸俏拿鞯牡谝恍枰?；第二，文明需要不斷增長(zhǎng)和擴(kuò)張，但宇宙中的物質(zhì)總量不會(huì)改變”、“猜疑鏈”、“技術(shù)爆炸” 這些關(guān)鍵詞他反復(fù)地思考，突然之間，他明悟了——宇宙之中，文明的為了生存而進(jìn)行的發(fā)展勢(shì)必突破母星的容納能力，當(dāng)探尋到另一個(gè)生命星球的存在時(shí)，入侵一定發(fā)生。但是，由于星球之間的文明差距，他們?cè)诮涣魃系臅r(shí)間滯后性會(huì)極其明顯，并直接導(dǎo)致溝通的失靈。因而出于保證自己生存的目的（當(dāng)無法斷定對(duì)方是否懷有好意時(shí)，只能做最壞的打算），這種擴(kuò)張一定是武力擴(kuò)張。并且由于星球文明的發(fā)展會(huì)在某一個(gè)不確定的時(shí)間點(diǎn)發(fā)生質(zhì)的飛躍并且一路高歌猛進(jìn)，所以無論兩個(gè)文明之間的差距有多大，高級(jí)文明都無法保證在長(zhǎng)距離的星際航行之后對(duì)方的文明程度不會(huì)超越自己。隨后，他也在行星防御理事會(huì)面壁者計(jì)劃聽證會(huì)上提交了自己的計(jì)劃——先向宇宙發(fā)出一顆星球的位置信息看它會(huì)不會(huì)遭到毀滅。當(dāng)邏輯的計(jì)劃發(fā)出后，他在又一次的基因?qū)椀拇虤⒅虏『?，匆匆進(jìn)入了冬眠。章北海也為了解決軍事科技的停滯不前的問題，刺殺了技術(shù)骨干中的保守派，從而使星際航行技術(shù)實(shí)現(xiàn)更新?lián)Q代。隨后也為了未來的政治安全進(jìn)入了冬眠。

之后，希恩斯的研究實(shí)現(xiàn)了重大突破——他可以通過某種手段給人賦予某種信念，無論這種信念所關(guān)的描述真實(shí)與否。而他，也自然的想到了解決失敗主義的最佳途徑——給軍隊(duì)以“地球必勝”的信念。但是同樣的為人類道德的限制，只能在很小的范圍里嘗試。同時(shí)，雷迪亞茲也表明了自己的計(jì)劃——在離太陽更近的水星上建立氫彈發(fā)射基地。然而，隨后他的破壁者也出現(xiàn)了，帶著對(duì)他計(jì)劃的解析。原來雷迪亞茲想要通過氫彈的爆炸使水星減速，墜入太陽，形成螺旋形大氣層。進(jìn)而氣流層會(huì)令太陽的行星都減速墜入太陽，產(chǎn)生連鎖反應(yīng)。徹底摧毀整個(gè)太陽系，用一種玉碎的氣節(jié)和三體世界的希望同歸于盡。這種計(jì)劃讓他和泰勒一樣，受到了的全世界的敵視，最后死在了家鄉(xiāng)人民的唾棄中。

當(dāng)羅輯從冬眠中醒來的時(shí)候，人類文明早發(fā)展到了讓人類自信到可以對(duì)抗三體入侵的程度。世界格局早已經(jīng)大變天，國(guó)家概念成為歷史，三大艦隊(duì)成為真正的實(shí)權(quán)者；由于在早期犧牲環(huán)境式的發(fā)展地面早已經(jīng)面目全非，人類建立了龐大的地下城；科學(xué)技術(shù)不斷發(fā)展，各行各業(yè)的信息化高度發(fā)達(dá)，軍用技術(shù)突飛猛進(jìn)，航空艦隊(duì)強(qiáng)大到人人都相信三體只能選擇和談。人類幾乎發(fā)掘了現(xiàn)有科學(xué)儲(chǔ)備的全部潛能，而所謂的面壁者計(jì)劃，早已被視作歷史荒唐。僅剩的兩位面壁者羅輯和希恩斯在冬眠醒來后不久的一次艦隊(duì)聯(lián)席會(huì)議被撤去了面壁者之職，而就在此時(shí)，希恩斯的妻子公布了一個(gè)令人震驚的秘密——她只希恩斯的破壁人。她揭示了希恩斯的計(jì)劃——希恩斯是一個(gè)徹頭徹尾的失敗主義者，他通過技術(shù)賦予人們的并不是必勝的信念，而是必?cái)〉男拍?。而現(xiàn)在，接受過這些信念的人有很多都加入了軍隊(duì)。一旦這些人在與三體世界的戰(zhàn)爭(zhēng)中倒戈，那將是一場(chǎng)大災(zāi)難。

章北海等一批舊時(shí)代政治工作者在蘇醒后的第一個(gè)任務(wù)，就是進(jìn)入三大艦隊(duì)中監(jiān)督艦長(zhǎng)的行為，以防止他們就是植入了必?cái)⌒拍畹娜恕６S后的事情讓人驚詫不已——原來章北海就是一個(gè)始終都堅(jiān)定如一的失敗主義者。他之所以能有必勝的信心，那是因?yàn)樗谘陲椝谋財(cái)〉恼鎸?shí)想法。而他在管理艦隊(duì)的第一時(shí)間，就控制整個(gè)艦隊(duì)駛離太陽系。他知道地球必?cái)　词鞘切聲r(shí)代的科技和軍事力量也發(fā)讓他燃起哪怕一丁點(diǎn)信心——所以他做了新時(shí)代的逃兵，也成為了新新時(shí)代的引航人。

大概在章北海航離太陽系時(shí)，地球人發(fā)現(xiàn)了三體的探測(cè)器在加速飛向地球。而信心滿滿的三大艦隊(duì)全體出航，迫不及待的接觸外星文明。然而，但接觸到后這個(gè)被視作探測(cè)器的“水滴”時(shí)，才發(fā)現(xiàn)自己的天真和幼稚。三體世界發(fā)出的“水滴”是一個(gè)堅(jiān)不可摧、速度無比的快、能量龐大的武器。它輕而易舉的摧毀了整個(gè)地球艦隊(duì)。只有兩個(gè)發(fā)現(xiàn)不妙便早早逃離的戰(zhàn)艦——原來，章北海的判斷，是對(duì)的。水滴毀滅了艦隊(duì)之后，又完全屏蔽了地球和太陽之間的信號(hào)，使失去了太陽這個(gè)信號(hào)放大器，沒有了向外界發(fā)出信息的機(jī)會(huì)。做完這一切后，水滴飛向了地球。

艦隊(duì)的失敗讓地球又一次陷入絕望和混亂。而此時(shí)，軍方又宣布重啟面壁者計(jì)劃——因?yàn)楸涣_輯在舊時(shí)代的面壁者計(jì)劃中公布了位置信息的那顆星球被毀滅的事實(shí)，地球終于發(fā)現(xiàn)了，羅輯又重新被任命為面壁者。而因?yàn)樗螌?duì)于太陽的封鎖，他只能利用人民對(duì)于面壁者重新生出的信任，努力的平復(fù)民眾的情緒，安定社會(huì)的秩序。最后，他只是領(lǐng)導(dǎo)了雪地工程——一項(xiàng)預(yù)警水滴逼近和一定程度攻擊三體艦隊(duì)的工程。

在太空中漂流的戰(zhàn)艦，成為了真正的游民。但是由于逃離時(shí)消耗了大量的能量，使得提早面對(duì)到了能源短缺的問題。而羅輯的宇宙社會(huì)學(xué)中的兩大規(guī)律和“猜疑鏈”此時(shí)體現(xiàn)了它的強(qiáng)大。艦隊(duì)中的各個(gè)戰(zhàn)艦之間都擔(dān)心被對(duì)方消滅，因而，終于有一艘在猶豫和猜疑之后，發(fā)動(dòng)了對(duì)對(duì)方的進(jìn)攻。最終，只有一個(gè)戰(zhàn)艦，帶著其他戰(zhàn)艦的物資，駛向了未知。

隨著水滴離地球越來越近，羅輯也終于向智子表明了自己的真實(shí)計(jì)劃——他利用雪地工程在太陽附近布置了足量的核彈，而引爆的裝置和自己的生命聯(lián)系。只要自己死去，核彈立馬引爆，產(chǎn)生遮蔽太陽的星際塵埃，從而使太陽發(fā)生閃爍。在精心的安排下， 太陽閃爍中所包含的信息就是三體星球的位置信息。只要核彈引爆，三體世界就會(huì)暴露，那么三體世界會(huì)面臨和地球一樣的結(jié)果——被進(jìn)攻，被滅亡。

在羅輯的威脅下，三體世界妥協(xié)了。地球建立了與三體世界的一種微妙平衡。而羅輯，也終于等到了莊顏的蘇醒。