漫畫開始，新一被灌藥變小。
漫畫10-12話，兇手被逮捕后說“是這個小鬼干的”，因為死者是在群馬縣被發(fā)現(xiàn)的，組織也知道這件事，但當時并沒有在意（如果大和敢助在此時遇上雪崩就有意思了）。
新版a藥研發(fā)出來后，組織需要解決明美這個隱患，察覺到明美死期將至的貝姐把錄音帶交給明美，讓她藏好并想辦法讓雪莉知道錄音帶的隱藏地點。明美在聽完錄音帶后把里面的重要信息告訴了秀一，并讓秀一保護妹妹。
工藤夫婦在得知新一變小后想讓兒子到洛杉磯來，在他們的保護下追查組織，優(yōu)作考慮到新一可能不會跟他們走，扮成暗夜男爵嘗試給兒子提醒組織里有他的粉絲。
龍舌蘭被誤炸身亡后，組織聽說小五郎曾提到他們組織的事，感覺事情有點微妙。
山村操出現(xiàn)沉睡推理的現(xiàn)象，組織察覺到沉睡的小五郎和柯南似乎有問題，雪莉逃跑后開始懷疑a藥，于是鼓動他觀察攝影沉睡的小五郎。
貝姐率先意識到新一變小了，于是前往帝丹高中查看，剛好新一變回來，疑惑的她就選擇變裝新出醫(yī)生，當天便實施計劃。fbi救出新出醫(yī)生，茱蒂前往帝丹高中監(jiān)視貝姐。貝姐也前往帝丹小學查看，只看到了柯南。她知道是解藥研發(fā)出來了。
公交車，茱蒂監(jiān)視貝姐，秀一尋找雪莉。貝姐看到灰原，懷疑她是變小的雪莉，于是故意啟動炸彈想炸死灰原，但被柯南所救。秀一沒有發(fā)現(xiàn)灰原，但看到和小新一很像且智力驚人的柯南，想到了短信，把這個情況匯報給詹姆斯。為了柯南的安全，貝姐偷走小五郎的檔案資料，讓fbi接近小五郎，促使柯南和fbi接觸。
有人邀請服部去黃昏之館，知道烏丸有問題的平藏讓靜華以學業(yè)為由推掉邀請。
柯南對琴酒失敗呆在儲物柜出來后，秀一看到柯南和灰原在一起，懷疑兩人都是變小的。于是讓手下偷拍灰原，拍到柯南、灰原和有希子在一起的照片。秀一詢問有希子柯南和她以及新一的關(guān)系，有希子反問為什么要這么問，秀一講述明美短信的內(nèi)容，有希子擔心承認后會導(dǎo)致組織發(fā)現(xiàn)秀一知道a藥的秘密，于是沒有承認柯南是新一，秀一也知道不該多問就沒有繼續(xù)追究。
灰原得到錄音帶，知道解藥能摧毀組織的計劃，明白貝姐只是為了解藥才來追殺她的。
滿月篇，擔心fbi臥底會壞事的秀一把fbi的計劃告訴有希子，有希子擔心新一便藏家里等新一過來。有希子把明美短信的內(nèi)容告訴柯南，為了驗證貝姐對a藥的態(tài)度，柯南還策劃了賭命的計劃。秀一前往約定的地點，發(fā)現(xiàn)臥底果然壞事了，臥底得知秀一前往約定地點，于是匆忙將卡爾瓦多斯滅口。秀一因為不能被組織發(fā)現(xiàn)他知道a藥能變小，于是匆忙離開讓茱蒂善后?？履蠎岩蒮bi有內(nèi)奸。
水無為了弟弟尋找小五郎幫助，因為巧合鞋子粘上了竊聽器。琴酒在發(fā)現(xiàn)竊聽器后匯報boss，boss知道大概是柯南干的，為了不暴露他們已經(jīng)懷疑柯南，于是讓琴酒殺小五郎，柯南肯定會前去救場，琴酒是多疑的人，一定會連柯南也殺害，但貝姐阻攔了。組織懷疑貝姐可能知道自己的身份了。小五郎看到對面有人鬼鬼祟祟地離開，然后看到水無的短信，相信了水無的話?？吹胶退疅o長得很像的瑛佑，認為他是水無弟弟，于是說歡迎瑛佑來偵探事務(wù)所（不過后面看起來一點都不歡迎），并對見過水無的事進行隱瞞（漫畫552話）。但后來聽說水無和瑛佑血型有點問題，以為自己搞錯了，就不再關(guān)心瑛佑的情況，不過兩人這之后也沒再見過面。
茱蒂、秀一和詹姆斯對柯南感興趣，想與他聯(lián)手。為了測試柯南的能力，茱蒂、詹姆斯放水讓柯南主導(dǎo)計劃，秀一為了以防萬一也進行行動策劃。
在瑛佑初登場時，山村操錄像沉睡小五郎只拍了開頭，但是大概率拍到瑛佑。組織因為瑛佑的姓和cia間諜一樣、長相又和水無一樣而感到不妙，于是派fbi內(nèi)奸前去日本。內(nèi)奸已經(jīng)知道水無所在地，為了觀察fbi會不會確認水無是臥底并把她送回組織，故意沒有把水無所在地告訴琴酒他們。
由于內(nèi)奸作祟，楠田陸道發(fā)現(xiàn)自己暴露。詹姆斯和秀一懷疑那個“豬隊友”。夜里，柯南與秀一交流行動計劃，以及fbi內(nèi)是否有內(nèi)奸的事，在確定大家都懷疑有內(nèi)奸后，秀一表示自己會去尋找內(nèi)奸并防止她破壞計劃，并把內(nèi)奸問題告訴了詹姆斯和茱蒂。茱蒂因為卡梅隆言論前后不一致把他當內(nèi)奸了，結(jié)果因為妨礙計劃進行被卡梅隆打暈。內(nèi)奸趁機對茱蒂的手機動了手腳來進行竊聽和定位，但被詹姆斯發(fā)現(xiàn)，隨后秀一和詹姆斯再次對茱蒂的手機動了手腳。水無回組織后，內(nèi)奸為了避免被發(fā)現(xiàn)馬上離開了，秀一在看到內(nèi)奸離開后先讓竊聽功能失靈，再說出水無身份。最后要進行假死計劃時，秀一故意讓內(nèi)奸聽到卡梅隆卷入案件的事，然后讓手機信號失靈，方便柯南換手機，告訴詹姆斯計劃，讓詹姆斯到時候記得不要讓內(nèi)奸聽到水無身份，以及通知瑪麗和世良他的“死訊”，秀吉因為過繼到羽田家了，就算不知道秀一死亡也可以被認為是斷了原來家庭的關(guān)系，加上還要打聽羽案的信息，因此秀一單獨告訴秀吉他假死的事，但沒有告訴他化裝成了什么人。詹姆斯在差不多秀一“死亡”的時間報警好讓琴酒能催水無快點離開。
在fbi得知秀一可能死亡后，詹姆斯誘導(dǎo)茱蒂用柯南的手機來驗證身份，并一同前去驗證指紋以保證內(nèi)奸不會聽到水無身份。貝姐根據(jù)內(nèi)奸提供的地址前往查看，認為秀一真的死了。之后詹姆斯弄壞了茱蒂的手機。已經(jīng)懷疑柯南身份的組織借此機會獲取柯南指紋。
死羅神事件中，組織在警方驗證假新一時獲得新一指紋，確認柯南的真實身份，并懷疑a藥解藥已經(jīng)研發(fā)出來。由于柯南是目前唯一的男性存活者，他們需要活捉柯南來做實驗，但此時柯南已經(jīng)和fbi混在一起了，不可能像往常一樣直接行動，如果弄不好被fbi追到組織據(jù)點就麻煩了，而且還得摧毀所有的解藥，于是暫時不行動等待時機。
安室透不相信秀一已死，決定出動調(diào)查，順便找到雪莉并保護起來。而rum因為自己在羽案用過手指上涂膜的手法，對用指紋來驗證死者身份來確認死訊而感到懷疑，于是采用曾經(jīng)成功過的手法來驗證秀一是否死亡。確定fbi反應(yīng)看起來的確是認為秀一已死，于是誘導(dǎo)柯南他們前去倫敦破案，并在同時讓貝姐和兩個跟班給瑪麗灌a藥?，旣愐姷郊賱?wù)武通過詢問羽案兇手判斷出對方身份，但為了不暴露工藤夫婦直到貝姐在女兒的問題上漏出破綻才拆穿，貝姐通過謊稱組織要假扮務(wù)武潛入mi6來暗示mi6內(nèi)無組織內(nèi)奸、務(wù)武身份泄露是在其他地方。在跟班眼里，貝姐在行動中看起來并沒有什么異常，組織勉強打消疑慮，而貝姐親吻瑪麗的傳聞在組織散開，波本和伊織無我也知道此事。有希子在倫敦想順便見見瑪麗，但瑪麗拒絕見面，還詢問有希子柯南的事情，有希子用親屬搪塞過去。瑪麗明白工藤夫婦知道新一變小，工藤夫婦知道瑪麗變小，將此事告訴務(wù)武。務(wù)武發(fā)現(xiàn)自己身邊出內(nèi)奸了，于是回到mi6（回來的時間不明，一般為了避免工藤夫婦暴露不會立即回去）。
隨后組織散播阿笠博士有錢的消息，為了避免被懷疑消息是組織散播的，故意說錯灰原的年齡，引誘不法分子綁架阿笠博士。隨后根據(jù)犯人口供得知有可疑男子疑似在保護灰原。
瑪麗發(fā)現(xiàn)組織已經(jīng)知道a藥的秘密，為了在組織發(fā)現(xiàn)自己知道解藥作用前拿到解藥，不得不隱藏蹤跡，因為說過世良會在她沒有回去后會離開倫敦，因此可以公開活動。世良提出住秀吉家，被瑪麗拒絕了。于是世良替瑪麗查看柯南擁有的裝備，工藤優(yōu)作未解決事件中，世良偷偷調(diào)了柯南的鞋子，導(dǎo)致鞋子出力過大使柯南受傷，急著回去匯報鞋子和腰帶用處的世良看到柯南因為自己受傷，覺得自己是個壞孩子。波本看到世良后很疑惑，因為理論上瑪麗應(yīng)該是變小了，世良會來日本應(yīng)該是瑪麗死亡了。不過組織不知道波本認識世良，不上報也沒事。
少年偵探團要去群馬縣露營，波本為了調(diào)查群馬縣一些他在意的東西而偷看視頻。這次露營，山村操遇上世良，組織得知有個姓世良的疑似女性的偵探在柯南身邊，有點在意。波本發(fā)現(xiàn)雪莉在群馬縣，非常吃驚，因為那基本上是組織的地盤。秀一見波本發(fā)現(xiàn)雪莉的蹤跡，于是讓有希子問黑田是否有救助雪莉的計劃，黑田見有希子知道這個計劃，于是告訴波本這次計劃有人協(xié)助他。于是波本在向貝姐匯報世良身份后，把貝姐會襲擊世良的情報報給黑田，黑田將情報匯報給有希子，于是秀一率先救走世良。有希子根據(jù)在美國的調(diào)查和日本這邊的情報，懷疑貝姐的立場，于是向貝姐伸出援手，但以為有希子只是被卷進來的貝姐拒絕了。秀一根據(jù)這次波本的行動和公安的一致，確定波本為公安，因為務(wù)武這邊的情況需要合作，于是嘗試讓波本接近自己。
波本重新調(diào)查秀一，組織很在意，也另派人跟著調(diào)查。神社篇，波本根據(jù)柯南大驚失色的樣子推理出柯南有可能是假死計劃的策劃者，組織另派的人也發(fā)現(xiàn)了（這個人是嫌疑人老人，前面能雙手拿錢包后面卻沒有拐杖站不穩(wěn)，很可疑，當年還有人懷疑他是rum）。因為組織在醫(yī)院有臥底就沒有派人調(diào)查。而醫(yī)院里，柯南看到波本對零的反應(yīng)，想到銀行搶劫案波本開槍的行為是反而容易暴露自己的，懷疑他可能實際上是公安臥底（光一個零就判斷波本身份還是很奇怪的）。
另一方面，組織組織實在是等不及山村操遲遲沒有成功錄像沉睡的小五郎，加上在意世良，波本又沒有匯報過瑪麗的情報，于是把其他人變裝成山村操前去查看（嫌疑犯是京極真那集），因為貝姐立場有點問題所以并沒有讓貝姐去變裝。此人看到世良的確像秀一，外貌中性，組織認為波本因為沒有弄清世良性別而沒有上報，不過心里還是有疙瘩。同時在此案中，世良見秀吉對柯南的推理能力很熟悉的樣子，一開始懷疑他是不是知道柯南身份，但后來秀吉回復(fù)柯南是熟人女兒的同學后放心了。而秀吉以為柯南是新一的熟人，見世良已經(jīng)見到柯南了，認為她應(yīng)該通過柯南得到新一的聯(lián)系方式，于是問她遇到魔法師了嗎（其實這里就可以看出秀吉不知道柯南身份，知道的話不會在看到世良發(fā)送柯南照片后還問這個問題）。
緋色篇，警視廳內(nèi)奸在警察身上安裝竊聽器，導(dǎo)致貝姐安裝的被干擾。rum發(fā)現(xiàn)波本有強烈的愛國情懷，加上沒有匯報過世良情報，懷疑起了波本。另一邊，秀一得知安室透對“零”很敏感，覺得可能那真的是他的外號，于是讓有希子詢問黑田，得到了其真名?？履吓c秀一和父母商量后知道波本真的是公安，回想當時他對fbi的態(tài)度，認為他是真的想把fbi趕走獨自行動，于是秀一還是得先隱瞞沖矢昴的身份，并用安室透的真名牽制住他，讓他別沖動，并把手槍給公安讓他們從其來源調(diào)查。波本在折騰一番后沒有上報秀一的消息，rum更加懷疑他了。
rum在發(fā)現(xiàn)波身份有問題后，開始懷疑瑪麗其實已經(jīng)接觸柯南但波本故意沒有上報，a藥解藥的問題還是有隱患，加上他是no.3的私生子，其他人并不適合調(diào)查波本，于是決定親自上陣。她同時還懷疑水無，也很在意還有沒有其他臥底，故意高調(diào)宣稱自己要出手，如果紅方在針對rum行動就可以順著這個線索找臥底。另外務(wù)武在這個時候差不多該回mi6了，她還要彌補羽案的失誤，散播自己出動可以讓紅黑方一起rum特征的人，借此找到務(wù)武。
