最近在梳理知識，從基本常識開始惡補(bǔ)。
先貼上收集的一些資料：
解螺旋的礦工
從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) DNA測序技術(shù)
沈夢圓博客中的RNA seq
簡簡單單講insertion size
鏈特異建庫那點(diǎn)事
NGS測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制 (Quality Control，QC)
華大轉(zhuǎn)錄組常見問題解答
不同組學(xué)研究建議采用的測序策略
轉(zhuǎn)錄組分析工具大比拼 （完整翻譯版）
在查資料的時候才發(fā)現(xiàn)自己連很多基本的概念都是不太清楚的，比如：
插入片段的大小到底是什么？為什么會有插入片段大小這種東西？
插入片段大?。╥nsertion size）是adaptors之間的序列，并不是至R1和R2之間的unknown gap。而unknown gap則稱為inner mate。
因此，insertion size小的好處就是：測序的覆蓋度高，但在進(jìn)行de novo 組裝時，如果重復(fù)序列長于reads長度，那就無法確定重復(fù)序列的位置，無法進(jìn)行拼接，也就只能得到一些contig。這個時候就會需要一些long reads看來確定位置，也就是MP文庫。
但問題又來了：為什么又需要雙端測序呢？因?yàn)榻?jīng)常reads的長度短于insertion，為了增加覆蓋度就從insert兩端同時測序。
還有就是為何在測序的數(shù)據(jù)里會需要去接頭呢？像trimmomatic里的接頭文件里的universal adaptor和indexed adatpor又是什么？
在軟件中我們會看到的5-3的universal adaptor和3-5的indexed adatpor。接頭在illumina中一般分為P5和P7接頭，其中一個帶有和flowcell上的探針反向互補(bǔ)的序列，以完成待測序列和探針結(jié)合的作用，另外一個接頭帶有barcord序列以區(qū)分不同的樣本。因此，這個接頭就不是我們所需要測的樣品里的序列，需要把它去掉。
那為何會測到接頭呢？這是因?yàn)槿绻鹖nsertion 太小的話，就會直接測穿，也就是測到了adaptor。
又比如在IGV的說明里會看到reads分為RF、FR等等方向，一直沒搞懂。
原來是RNA seq里特異鏈建庫中uDTP測序方法中的fr-firstrand,也就是RF。
dUTP測序中pair read 中的read1（R1）和基因方向相反，read2（R2）和基因方向相同。
切記在看資料時，邊看邊思考，問問自己到底是怎么回事？
才能將問題想明白。
