目前市面上的公司做ATAC-seq基本上采用的都是Omni-ATAC這套Protocal，穩(wěn)定性比較好。
文獻(xiàn)信息
An Improved ATAC-seq Protocol Reduces Background and Enables Interrogation of Frozen Tissues
2017年12月，Greenleaf實(shí)驗(yàn)室發(fā)表在Nature Methods
DOI: 10.1038/nmeth.4396
摘要：We present Omni-ATAC, an improved ATAC-seq protocol for chromatin accessibility profiling that works across multiple applications with substantial improvement of signal-to-background ratio and information content. The Omni-ATAC protocol generates chromatin accessibility profiles from archival frozen tissue samples and 50-μm sections, revealing the activities of disease-associated DNA elements in distinct human brain structures. The Omni-ATAC protocol enables the interrogation of personal regulomes in tissue context and translational studies.
概述
本文是斯坦福大學(xué)Greenleaf教授（ATAC-seq的發(fā)明者）實(shí)驗(yàn)室對(duì)ATAC方法進(jìn)行的一次重要改進(jìn)，該protocol目前已被廣泛引用。
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protocol的主要改進(jìn)：
使用多種去污劑(such as NP40, Tween-20, and digitonin)，以提高通透效果和去除線粒體
裂解后用Tween-20洗，以更好地去除線粒體
轉(zhuǎn)座酶切時(shí)使用PBS，以提高信噪比
protocol的鏈接：https://protocolexchange.researchsquare.com/article/nprot-6107/v1
主要步驟
收集細(xì)胞、離心，裂解、離心，清洗、離心，得到細(xì)胞核。
轉(zhuǎn)座酶切反應(yīng)。
clean-up。
PCR預(yù)擴(kuò)增，qPCR確定擴(kuò)增輪數(shù)，擴(kuò)增。
文庫濃度測(cè)定。
評(píng)價(jià)
作者評(píng)價(jià)：Omni-ATAC相比standard-ATAC和FAST-ATAC，有更好的魯棒性，適用于凍存樣品，且線粒體污染較少，信噪比較高，耗材成本較低。
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讀者評(píng)價(jià)：
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推薦這篇protocol是因?yàn)樗悄壳氨粶y(cè)序公司廣泛使用的ATAC-seq方法，有必要了解一下其中的技術(shù)細(xì)節(jié)。
- 本方法所需細(xì)胞數(shù)為5萬，酶切前需破膜離心提核。
如果使用該方法可以成功建庫的話，就只要照著做就行了。對(duì)于提核有難度的細(xì)胞，有大佬推薦試試梯度離心。
對(duì)于免疫細(xì)胞，F(xiàn)AST-ATAC和Omni-ATAC哪個(gè)更合適，可能還需要更多的探討。文中T細(xì)胞是Omni略勝一籌，B細(xì)胞Omni明顯勝出。對(duì)于髓系細(xì)胞和造血干細(xì)胞，文中未有提及。
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