有點(diǎn)意思! Sanger 測序峰值圖自動(dòng)解析單倍型

寫在前面

昨日,快 24 點(diǎn)時(shí),覺得是時(shí)候告一段落了,匆忙撰寫了推文并推送出去,可見《眼見為實(shí)!Sanger測序峰圖比對到參考序列 - 直觀!》。文稿推送后,似乎沒有太大反應(yīng)。主要原因或許是:

  1. 看到博文的,做濕實(shí)驗(yàn)的人或許太少
  2. 功能有待完善,不夠直觀

當(dāng)然,也有少數(shù)用戶覺得挺實(shí)用,并提出了一些改進(jìn)想法。于是趁著兩個(gè)小時(shí)的空閑時(shí)間,對前面的插件做了一些調(diào)整,主要如下。

豐富參數(shù)選項(xiàng)

前述,界面無參數(shù)可調(diào),主要原因是,很多時(shí)候調(diào)整參數(shù)挺麻煩,默認(rèn)參數(shù)可以解決絕大多數(shù)問題,不過還是開放一下。前后界面比較下子。



豐富參數(shù)后



可以看到,增加的還是一些相對有用的參數(shù)。

完善交互信息

簡單補(bǔ)充了一些交互信息,其中最有用的或許是... 更細(xì)致的了解到底指定位點(diǎn)不同堿基的峰值比例


自動(dòng)解析單倍型

很多時(shí)候,我們研究的材料對應(yīng)的位點(diǎn)很可能是雜合的,比如大多數(shù)園藝作物;更多時(shí)候,我們做了CRISPR敲除,拿到的材料中目的區(qū)域也是雜合的,可能是一個(gè)等位基因插入了,另一個(gè)等位基因缺失了。當(dāng)然,正如昨天說的,我們眼尖,可以看出來到底是插入還是缺失,雜合還是純和。
但更多時(shí)候,這個(gè)太累的,于是可以直接 Decompose!新版本插件,在主界面默認(rèn)選擇了“Decompose”(可以去掉勾選,如果不需要),那么會彈出解析結(jié)果,一次兩個(gè)等位基因。



從圖中右下角,可以看到人工查看的結(jié)果;從圖中左上角,可以看到解析的兩個(gè)單倍型序列,其中位點(diǎn)清晰,一個(gè)等位基因是插入 T ,另一個(gè)等位基因是缺失 CCTC。
完美!

寫在最后

至于....如何拿到更新版本的插件.....

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