????前面的swarm聚類文章中講到過，“ seed ” 是 de novo 思想的算法在聚類時，選擇的第一個作為質心或起點的高豐度擴增子，它通常作為 cluster 的代表序列參與物種注釋等其它分析。

????從計算機角度來看：算法的開始，創(chuàng)建一個初始為空的數(shù)據(jù)庫，并在處理輸入序列擴展數(shù)據(jù)庫。對于每一個 cluster ， 數(shù)據(jù)庫只精確地包含一個代表性序列。

????在UCLUST中，“ seed 序列 ” 這個術語不再使用，為了避免與 BLAST 和 UBLAST 等算法中的對齊種子（即：查詢序列與參考序列比對上的匹配詞）混淆。作為替代，稱質心為“ 代表序列 ”。

????在這里用UBLAST舉例來說明：

????UBLAST是 Edgar 開發(fā)的 USEARCH 包中的一個工具。

????UBLAST最常用于蛋白質或翻譯搜索，低相似度的序列比對就可以提供信息。UBLAST也支持核苷酸搜索，但USEARCH通常更合適，因為核苷酸同源性只有在序列之間具有高相似度時才能檢測到。

????因此，UBLAST被設計為對較遠的（?more distant）序列關系敏感，USEARCH對于這些序列而言敏感度較低，例如蛋白質的識別率（identity）低于50%。而當序列識別率較低時，查詢序列和數(shù)據(jù)庫參考序列可能只有一個簡短的匹配詞（common k mer），如下圖所示。這個匹配詞稱作 “seed”（即：種子）。

圖源：?https://www.drive5.com/usearch/manual/ublast_algo.html

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