使用seqkit批量替換序列ID

在進(jìn)行組裝和比對(duì)過(guò)程中，要將測(cè)序ID替換成物種學(xué)名，一個(gè)一個(gè)替換太慢了，發(fā)現(xiàn)seqkit有這個(gè)功能。

seqkit replace --ignore-case --kv-file rename.txt --pattern "^(\w+)" --replacement "{kv}" genome.fa -o genome.new.fa
rename.txt 就是改名列表，第一列是原ID，第二列是新ID，中間用tab隔開(kāi)。 genome.fa 是需要改ID的文件名，genome.new.fa 是新生成的改ID后的文件名。特別要注意的是列表中一定要包含所有的ID，不然他會(huì)將列表中不包含的ID改成空白

GN002   Drymonia_coccinea_GN002
GN003   Glossoloma_anomalum_GN003
GN004   Moussonia_elegans_GN004

改名前


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改名后


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