前段時間畢業(yè)論文盲審，有一位盲審老師提的意見：到EnhancerDB網(wǎng)站看一下SNP上是否有增強子、如果有的話再看一下所在的增強子調控的靶基因是否為感興趣的基因（真優(yōu)秀，就喜歡這種直接提供干貨的老師）。
于是我搜了一下EnhancerDB，看到底干嘛用的。
EnhancerDB全稱是A web database to discover the regulate relationships in the context of enhancers。
網(wǎng)址：http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB/
看名字就知道這個數(shù)據(jù)庫與增強子有關，簡單來說，就是增強子的各種調控關系都能在這個數(shù)據(jù)庫中找到。
該數(shù)據(jù)總共分為五大模塊：Enhancer、TFBS、microRNA、Gene、SNP
1、Enhancer模塊
這個模塊可以查看某個基因片段是否有enhancer、 enhancer可能被哪些轉錄因子調控、enhancer上有哪些SNP位點、enhancer調控哪些基因、enhancer調控了哪些miRNA
1.1 查看某個基因片段是否有enhancer
image
1.2 enhancer可能被哪些轉錄因子調控
image
1.3 enhancer上有哪些SNP位點
image
1.4 enhancer調控哪些基因
image
1.5 enhancer調控了哪些miRNA
image
2、TFBS模塊
這個模塊可以查看給定的基因組上是否有轉錄因子結合、轉錄因子上有哪些SNP、轉錄因子調控了哪些enhancer、轉錄因子調控了哪些基因等。
2.1 給定的基因組上是否有轉錄因子結合
image
2.2 轉錄因子上有哪些SNP
image
2.3 轉錄因子調控了哪些enhancer
image
2.4 轉錄因子調控了哪些基因、miRNA
image
3、microRNA模塊
這個模塊可以查看給定的基因組上是否有miRNAs、調控miRNA的Enhancers、轉錄因子調控了哪些miRNAs等。
3.1 給定的基因組上是否有miRNAs
image
3.2 調控miRNA的Enhancers
image
3.3 轉錄因子調控了哪些miRNAs
image
4、Gene模塊
這個模塊可以查看調控基因的Enhancers、調控基因的轉錄因子、基因的eQTL位點等。
4.1 調控基因的Enhancers
image
4.2 調控基因的轉錄因子
image
4.3 基因的eQTL位點
image
5、SNP模塊
這個模塊可以查看我們感興趣的SNP位點有哪些enhancer、轉錄因子、以及是哪些基因的eQTL位點等。
5.1 感興趣的SNP位點有哪些enhancer
image
5.2 感興趣的SNP位點有哪些轉錄因子
image
5.3 SNP位點是哪些基因的eQTL位點
image
今天的介紹就到這，祝各位周二愉快！
