最近在研發(fā)安全用藥相關(guān)產(chǎn)品，查找了很多的數(shù)據(jù)庫，PharmGKB是史上唯一一個(gè)收集最完整的與藥物基因組相關(guān)的基因型和表型信息，并將這些信息系統(tǒng)地歸類的數(shù)據(jù)庫。
PharmGKB全稱是Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base，翻譯成漢語就是遺傳藥理學(xué)與藥物基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)站把基因和藥物的關(guān)系分為兩個(gè)大的范疇：表型（包括：臨床結(jié)果（CO），藥效學(xué)和藥物反應(yīng)（PD），藥物動(dòng)力學(xué)（PK）以及分子和細(xì)胞功能化驗(yàn)（FA））； 基因型（GN）。研究中用到了Cleaver, Family Tree等工具。目前，該數(shù)據(jù)庫中包含有27007個(gè)基因與4654種藥物和4067種疾病的相互作用資料。該數(shù)據(jù)庫由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（NIH）創(chuàng)建。網(wǎng)址是：https://www.pharmgkb.org/。
PharmGKB網(wǎng)站的建立主要分為三個(gè)部分：
1.文獻(xiàn)數(shù)據(jù)提?。簭淖钤嫉乃幬锘蚪M學(xué)，藥物遺傳學(xué)及臨床醫(yī)生發(fā)表的相關(guān)文獻(xiàn)中提取數(shù)據(jù)，形成網(wǎng)站的的藥物基因組學(xué)知識(shí)庫基礎(chǔ)。
2.基因-藥物數(shù)據(jù)提取，注釋：對(duì)gene-drug相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行提取，注釋，聚集和綜合分析，對(duì)藥物基因組相關(guān)知識(shí)進(jìn)行進(jìn)一步歸類。
3.臨床注釋及實(shí)施：臨床注釋信息包括基因型與藥物基因組學(xué)描述，評(píng)價(jià)等，臨床實(shí)施包括數(shù)據(jù)聯(lián)合應(yīng)用，個(gè)體化用藥及用藥指南等。
關(guān)于此網(wǎng)站的應(yīng)用，若只是平常的查詢工作，包括：哪些藥物是明確需要基因檢測(cè)的；藥物與基因的信息；藥物劑量參考指南以及藥物相關(guān)代謝通路等，我們可以直接在主頁上輸入基因，藥物，疾病或突變名稱進(jìn)行檢索；若還需進(jìn)行藥物遺傳學(xué)以及藥物基因組學(xué)研究設(shè)計(jì)，需進(jìn)行用戶注冊(cè)，這樣可以訪問并下載原始數(shù)據(jù)以輔助后續(xù)的分析。
通過檢索相關(guān)內(nèi)容，可以知道有哪些藥物是明確需要基因檢測(cè)的，
下面以羅格列酮（rosiglitazone）為例，對(duì)網(wǎng)站使用進(jìn)行詳細(xì)說明：
1.輸入rosiglitazone后，搜索引擎會(huì)自動(dòng)羅列藥物相關(guān)的構(gòu)型及說明。
2.看到搜索結(jié)果中包含劑量指導(dǎo)、藥物標(biāo)簽、臨床和變異注釋。
3.在劑量指導(dǎo)（PGx Prescribing Info）中，數(shù)據(jù)庫給出了相關(guān)的注釋和來源引證，我們還可以找到相關(guān)的藥物認(rèn)證標(biāo)簽，如FDA等機(jī)構(gòu)的認(rèn)證信息，但我輸入的藥物暫時(shí)還沒有劑量指導(dǎo)信息。
4.在clinical annotation中，包含了臨床證據(jù)級(jí)別，基因，變異位點(diǎn)，表型等信息。
相關(guān)的臨床注釋能提供關(guān)于病人基因型-藥物之間的關(guān)系，且還包含了對(duì)表型的總結(jié)摘要。
5.變異注釋中，詳細(xì)的介紹了對(duì)應(yīng)的突變，PMID，藥物分子和其它相關(guān)信息，點(diǎn)入“Read Now”還可以看到相關(guān)的參考文獻(xiàn)，這部分有些信息是需要注冊(cè)才能看的。
6.在Literature中給出對(duì)應(yīng)的文獻(xiàn)資料。
7.在pathways中，可以找到藥物參與的相關(guān)通路及描述。
8.在“Related to”目錄中，數(shù)據(jù)庫非常智能的將藥物與其它相關(guān)信息聯(lián)系起來，比如羅格列酮有0個(gè)分子構(gòu)型，與8個(gè)基因、4種疾病相關(guān)。
以上是網(wǎng)站搜索結(jié)果的注釋，其余科研工作需要的信息，還需自行查找，自行學(xué)習(xí)，真是個(gè)神奇的數(shù)據(jù)庫。
