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GenTree是一個集合多種數(shù)據(jù)的在線數(shù)據(jù)庫。
總共涉及的基因有63152個，蛋白質(zhì)編碼基因有20300個。
評估基因年齡用的是UCSC數(shù)據(jù)庫的14個支系。
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)調(diào)用了HPA,BrainSpan,GTEx。
蛋白質(zhì)組調(diào)用了HPM。
群體數(shù)據(jù)調(diào)用了GWASdb2,PopHuman。
詳細信息見下圖。
這個網(wǎng)站的使用方式很簡單。
支持的輸入方式有：
Gene symbol或者基因名字，比如ENSG00000007129, GLUD2, TBC1D3, PBOV1。
位置輸入，比如chr1:1-100000 / chr1:1+9999
序列輸入，比如MAPRGFSCLLLSTSEIDLPVKRLLSSVF
其主要功能有：
1）基因在不同物種的起源分支以及年齡推斷；
在該網(wǎng)頁輸入基因名字后，會顯示如下圖。
將鼠標點放在支系上，會顯示基因的突變年齡，以及該支系的代表圖片。
2）同源基因推斷；
同源基因推斷這里，還會同時提供同源基因的Ka/Ks值，不同物種的Ka/Ks值。
3）GWAS報道的相關(guān)表型；
4）基因功能注釋；
HPA的不同組織的FPKM值：
該基因在出生前和出生后的RPKM：
上面列出來的只是部分結(jié)果展示，還有其他好玩的功能，這里就不多介紹了。感興趣的自己摸索吧。
