在這個信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，將每個人都緊緊環(huán)繞。如何利用已有的工具從中篩選有用信息，對我們每個人，尤其是科研人而言，尤為重要。在免疫學(xué)，醫(yī)學(xué)，藥學(xué)科研和工作中，我們常常會用到蛋白數(shù)據(jù)庫，關(guān)于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)質(zhì)譜等數(shù)據(jù)庫均較多，今天給大家分享講講使用頻率最高且冗余度最低的uniprot數(shù)據(jù)庫。希望能對你們有所幫助~
下面，菲小恩以研究得比較多的 IL-6為例，分享如何有機(jī)結(jié)合數(shù)據(jù)庫和產(chǎn)品信息。
一、查找
用瀏覽器打開 https://www.uniprot.org/ 頁面，輸入關(guān)鍵詞 IL-6，點(diǎn)擊右上方的 Search 按鈕，然后找到需要研究的物種，就會出現(xiàn)該蛋白的詳細(xì)信息。
二、 詳細(xì)信息界面
首先介紹的是 “Function”詳細(xì)信息界面 ，該板塊會羅列出蛋白的基本功能及參與的生物學(xué)過程。每句介紹后的鏈接即是相應(yīng)的參考文獻(xiàn)，有需要可點(diǎn)擊查閱。
三、“Names & Taxonomy” 板塊
隨后的 “Names & Taxonomy” 板塊展示的是命名和來源種屬信息、NCBI 和 Enzembl 的基因數(shù)據(jù)庫鏈接，可直接點(diǎn)擊查閱。NCBI 和 Enzembl 數(shù)據(jù)庫也可查詢。
四、表達(dá)譜和定位
之后便是與實(shí)驗(yàn)密切相關(guān)的重要信息：蛋白的組織細(xì)胞表達(dá)譜和亞細(xì)胞定位。
我們在進(jìn)行 IHC、IF 實(shí)驗(yàn)時，常常會遇到一個重要而棘手的問題：我看到的陽性信號是不是特異的？UniProt 就可以給予一定的支持信息，在 “Expression” 板塊，闡述多細(xì)胞生物中，基因（mRNA 水平/蛋白水平）在細(xì)胞/組織中的表達(dá)情況；在 “Subcellular location” 板塊，包含成熟蛋白在細(xì)胞中的定位和拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)信息。
綜合以上信息，我們不難發(fā)現(xiàn)，IL-6在體內(nèi)是普遍存在的，在脂肪和淋巴組織中會更高。它的亞細(xì)胞定位是內(nèi)質(zhì)網(wǎng)，細(xì)胞膜和分泌表達(dá)，那么 IHC 的陽性信號主要是細(xì)胞間隙，以及細(xì)胞外圍一圈和細(xì)胞內(nèi)的核周圍。
IHC 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，可以明顯看到 IL-6的表達(dá)位置
（左）人扁桃體，菲恩生物對應(yīng)抗體貨號：FNab04282
（右）宮頸癌組織，菲恩生物對應(yīng)抗體貨號：FNab04283
五、蛋白的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)
了解完亞細(xì)胞定位之后，該說說蛋白的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)了?！癝ubcellular location” 的 “Topology” 部分詳細(xì)列出 IL-6為 的胞外區(qū)、跨膜區(qū)和胞內(nèi)區(qū)位置，以及它們相對應(yīng)的氨基酸序列。可不要小看這些信息，它們都是挑選蛋白類產(chǎn)品的重要線索。
序列范圍
菲恩的 IL-6為 重組蛋白產(chǎn)品會標(biāo)明其序列范圍，以下圖為例（菲恩生物貨號P0174），該蛋白的序列范圍是29-212aa，結(jié)合 UniProt 上的序列及結(jié)構(gòu)信息，可知該重組蛋白序列覆蓋 IL-6為 的整個胞外區(qū)。因而，可以結(jié)合自身實(shí)驗(yàn)需要挑選合適的蛋白產(chǎn)品。
六
在 “PTM/Processing” 部分，UniProt 數(shù)據(jù)庫會列舉蛋白合成過程中的分子加工、氨基酸修飾及翻譯后修飾，比如剪切、糖基化、脂?；?、二硫鍵位置等等。
這些信息對實(shí)際實(shí)驗(yàn)有什么提示作用呢？
在 “Sequences” 板塊，同時標(biāo)注了 IL-6為 各個轉(zhuǎn)錄本表達(dá)蛋白的基礎(chǔ)分子量。以序列最長的轉(zhuǎn)錄本為例，Mass (Da) 信息表明，該蛋白的基礎(chǔ)分子量約為 24KD。
但有時實(shí)際組織中，某些蛋白的 WB 陽性條帶卻出現(xiàn)較大的偏差。產(chǎn)生大小的差值，便是修飾造成的結(jié)果。這也是為什么有些抗體的實(shí)際檢測分子量和預(yù)測分子量有差別的原因之一，蛋白的翻譯后修飾對于 WB 結(jié)果的判定，具有重要的輔助作用。有了這些，再也不用擔(dān)心做 WB 找不到目的條帶啦。
自此，我們通過 UniProt 上的信息了解到蛋白的基本功能、命名與來源、亞細(xì)胞定位、結(jié)構(gòu)域及對應(yīng)序列、翻譯后修飾位點(diǎn)等重要信息，他山之石可以攻玉，有效利用這些信息，可以輔助研究工作順利開展。
