前言

生信中達(dá)到某一個目的有很多方法，如果我是一個小白，我會首先想一下自己該怎么解決，再搜索有沒有相同的問題，或者記錄自己的問題。
遇到別人的經(jīng)驗貼就記錄下來，不同的方法解決同一個問題，最后，等到我積累足夠多的經(jīng)驗就知道那一種最適合我。
要敢于嘗試和比較不同的方法，要力求一次達(dá)到目的?。。?br> 今天翻以前看別人的筆記，突然想吐槽~
還有后續(xù)，懶得記錄啦~

記?。毫_馬不是一天建成的~

情景一：計算染色體長度

1.獲取染色體長度（基因家族分析需要）：這是我在公眾號看到的方法，兩步~既然有這么優(yōu)秀的軟件，就不要給自己找麻煩啦

pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ samtools faidx watermelon_v1.genome 
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ awk '{print $1"\t"$2}' watermelon_v1.genome.fai |head
Chr1    34083085
Chr2    34414252
Chr3    28939167
Chr4    24315960
Chr5    33714806
Chr6    27018480
Chr7    31477646
Chr8    26149438
Chr9    34986854
Chr10   28419553

2.某次看到的方法（伏筆人設(shè)，詳見我的總結(jié)帖）：一個個計算，要是有一百條也是爽歪歪

pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ sed -n 2p watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34083086
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ sed -n 4p watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34414253
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ awk 'NR==2 { print $0 }' watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34083086
pengzw@super-server:~/reference/watermelon$ awk 'NR==4 { print $0 }' watermelon_v1.genome |wc
      1       1 34414253

情景二：得到bed文件

1.我利用awk的提取方法，我以前覺得gft、gff3的文件格式很復(fù)雜，現(xiàn)在看覺得是很有規(guī)律啦~

pengzw@super-server:~/reference/phytozome/at$ awk -F "[= \t]" '$3 == "gene" {print$1"\t"$4"\t"$5"\t"$11}' Athaliana_167_TAIR10.gene.gff3|head -n 5
Chr1    3631    5899    AT1G01010
Chr1    5928    8737    AT1G01020
Chr1    11649   13714   AT1G01030
Chr1    23146   31227   AT1G01040
Chr1    31170   33153   AT1G01050

2.一言難盡的方法，我實在是沒耐心解讀~genefamily.bed

pengzw@super-server:~$ genefamily = sorted.myb
pengzw@super-server:~$sort $genefamily | join -t $ '\t' -o 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 -1 4 -2 1 clpromoter.gff - | sort --version -sort > $genefamily.bed

學(xué)習(xí)心得

我也遇到很多坑，但是我從來不會做伸手黨，被坑了，下一次我只會找更多更好的方法解決同一個問題，不論問題多么簡單。
不要以為自己的命令行多復(fù)雜就顯得自己多厲害，呵呵呵呵，伏筆人設(shè)的垃圾作為~我生信學(xué)習(xí)路上的遇到的自視甚高的人~
廢話那么多，就是想說見多識廣，不要被局限在一個小框框里。