人或者小鼠基因名稱轉(zhuǎn)換
可以直接用網(wǎng)絡(luò)版的ID轉(zhuǎn)換
Biodbnet
用R語(yǔ)言
library(readr)
library(org.Mm.eg.db) #人的用org.Hs.eg.db
library(clusterProfiler)
df=read_csv("meiji.csv")
geneid=df$`Gene id`
map_dt <- bitr(df$`Gene id`, fromType = "ENSEMBL",toType = c( "SYMBOL"),OrgDb = org.Mm.eg.db)
keytypes(org.Mm.eg.db)
另外我們經(jīng)常遇到ENSG的名稱形式，如ENSG00000048707.8，這個(gè)時(shí)候我們只用保留前面15位就好了，小數(shù)點(diǎn)后面是版本號(hào)
library(stringi)##加載包
df2$gene=stri_sub(df2$gene,1,15)##保留前15位
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