分子模擬DCD文件去水

去掉水的步驟：
  1. 在VMD Tk consle中先用
set A [atomselect top "protein or nucleic"]
$A get index

把蛋白質(zhì)和DNA的index得到，保存為protein_DNA.ind

  1. 然后在終端中用
    ./catdcd -o XXX-nonwater.dcd -i /XXX/protein_DNA.ind /XXX/eq2.dcd

-o 是輸出，-i 是輸入

這就得到?jīng)]有水的dcd

catdcd是VMD的插件，在Linux版的VMD目錄下plugin中有它的最新版，但可能要配置系統(tǒng)環(huán)境。我就出現(xiàn)找不到libexpat.so.0的問題。
所以我在VMD官網(wǎng)下載4.0版的catdcd使用。

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