不要重復(fù)造輪子

——“哈嘍，能請(qǐng)教你一下怎樣在R server中調(diào)用Linux下的工具？”
——“你為什么要這么做呢？”
——“我想把Linux工具輸出的結(jié)果直接在R中分析，不想換來(lái)?yè)Q去”

bedtools是一個(gè)非常香的工具，幾乎是人盡皆知，是一個(gè)強(qiáng)大的處理bed等文件的工具，正如其自己描述的一樣：a powerful toolset for genome arithmetic。bedtools目前只支持在Linux下以命令行的形式運(yùn)行，所以我們經(jīng)常會(huì)遇到上面的問(wèn)題。

那么如何解決呢？給大家分享一個(gè)好物，既然我們不想在Linux下運(yùn)行bedtools，那為什么不在R下運(yùn)行呢？感謝北卡羅來(lái)納大學(xué)教堂山分校的Phanstiel Lab給了我們這樣的機(jī)會(huì)，開發(fā)出了R下的bedtools——bedtoolsr。不過(guò)，有喜必有悲，看下面這句話：
bedtoolsr should work on any system with R and bedtools installed. It has been tested on macOS (version 10.14 "Mojave") and Linux (Ubuntu version 18.04). bedtools is not available for Windows; however, you can either use a virtual machine or Windows Subsystem for Linux. In either case, R from the Windows side would not be able to access bedtools running on the Linux side, so R and bedtoolsr would also have to be installed on the Linux side.

這意味著這個(gè)工具必須要R和Linux下的bedtools，否則將無(wú)法工作！所以我推薦在R server下使用了~

安裝

#install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr")

使用示例

bedtools intersect ~ bt.intersect

bedtools intersect的功能不用多介紹，直接上圖：

bedtools intersect

?bt.intersect
bt.intersect(
  a,
  b,
  wa = NULL,
  wb = NULL,
  loj = NULL,
  wo = NULL,
  wao = NULL,
  u = NULL,
  c = NULL,
  C = NULL,
  v = NULL,
  ubam = NULL,
  s = NULL,
  S = NULL,
  f = NULL,
  F = NULL,
  r = NULL,
  e = NULL,
  split = NULL,
  g = NULL,
  nonamecheck = NULL,
  sorted = NULL,
  names = NULL,
  filenames = NULL,
  sortout = NULL,
  bed = NULL,
  header = NULL,
  nobuf = NULL,
  iobuf = NULL,
  output = NULL
)

這不是和bedtools intersect功能選項(xiàng)幾乎一模一樣？
這里還是用官網(wǎng)的示例數(shù)據(jù)來(lái)做，主要是想輸出有交集的染色體坐標(biāo)區(qū)間及相交區(qū)域的大?。?/p>

#build bed files
A.bed <- data.frame(chrom=c("chr1", "chr1"), start=c(10, 30), end=c(20, 40))
B.bed <- data.frame(chrom=c("chr1"), start=15, end=20)
#bedtools intersect ~ bt.intersect
bedtoolsr::bt.intersect(a = A.bed, b = B.bed, wo = T)
#output
    V1 V2 V3   V4 V5 V6 V7
1 chr1 10 20 chr1 15 20  5

更多的功能就待大家去探索了~把這個(gè)包支持的函數(shù)全部列在下面了，對(duì)應(yīng)bedtools的工具找就好了！

bedtoolsr

今天又是摸魚的一天！