shRNA序列設計

一、認識shRNA：

在研究基因功能中，RNAi由于可以特異性地使基因沉默或表達量降低而成為生物實驗中的有力工具。其中，shRNA是可以克隆至表達載體并表達siRNA雙鏈的DNA分子。今天給大家分享兩種能快速設計shRNA的方法。

二、shRNA的設計:

1. Sigma網(wǎng)站

Sigma公司做了一個針對人和小鼠的shRNA庫，而且部分基因的shRNA序列經(jīng)過驗證，因此直接使用Sigma公司已驗證過的RNAi序列最為方便。

首先打開網(wǎng)址：https://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html 出現(xiàn)以下界面：

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點擊shRNA

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選擇：
點擊“MISSION shRNA Lentiviral Transduction Particles”這一行的“價格”，這時會彈出界面展示針對目的基因的shRNA，界面如下：

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reverse 鏈需要添加+AATT-reverse 比如：

Forword oligo：

5‘-CCGG-21bp sense-CTCGAG-21bp antisense-TTTTTG-3’

Reverse oligo：

5‘-AATTCAAAAA-21bp sense-CTCGAG-21bp antisense-3’（AATT為酶切點）

最后選擇驗證過的序列即可。

引物設計

引物設計的網(wǎng)站很多，個人比較喜歡的是

Primerbank

理由：哈佛大學的一個qPCR引物數(shù)據(jù)庫，目前有超過20萬條引物，涵蓋了人和小鼠大部分已知的基因。根據(jù)網(wǎng)站上對兩萬多對引物的驗證結果，引物有效率為82.7%。盡量選擇這種驗證過的qPCR引物，qPCR品質比較有保障。

網(wǎng)址：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

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另外一個是直接輸入基因名

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之后會出現(xiàn)很多序列，一般選擇驗證過的

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